在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥(基努·里维斯）发现，看似正常的现实世黑客帝国界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长莫菲斯(劳伦斯·菲什伯恩)， 也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂(凯莉·安·摩丝)的指引下，两人见面了，尼奥也在莫菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵,这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中，真正的历史是，在20XX年，人类发明了AI(人工智能)，然后机械人叛变，与人类爆发战争，人类节节败退，迫不得已的情况下，把整个天空布满了乌云，以切断机械人的能源(太阳能)，谁知机械人又开发出了新的能源---生物能源，就是利用基因工程，人工制造人类，然后把他们接上矩阵，让他们在虚拟世界中生存，以获得多余的能量，尼奥就是其中一个。尼奥知道后，也加入了人类反抗组织，在莫菲斯训练下，渐渐成为了一名厉害的“黑客”，并渐渐展露出，与其他黑客的不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，莫菲斯被捕，尼奥救出了莫菲斯，但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工杀死，结果反而让尼奥得到了新的力量，并复活了，真正的成为了救世主，并把在矩阵无所不能的特工杀死了（删除了）
　　从此，人类与机械的战争，进入了一个新的时代。

里面的程序和AI的概念也一样。