第一部的主角是太一 阿和等人 初见数码宝贝世界 了解数码宝贝们的几种成长阶段  
从刚出蛋的婴儿阶段逐步进化为幼年期-成长期-成熟期-完全体-究极体 并介绍了数码宝贝进化的8个元素: 
 勇气-友情-纯真-爱心-智慧-诚实-希望-梦想 

第二部的主角是大辅 等人 他们各自继承了太一等人的精神徽章 由于被黑暗之塔封印了力量后,大家的数码宝贝都不能正常进化,便开启了古代进化的模式 装甲进化 
还粗略得知数码宝贝4大守护神的事情,并见到了守护神之一 青龙兽  
并了解到了另一个世界的存在 

第三部的主角是启人 留姬等人 这一部的战斗模式更换成数码暴龙机的形式了, 可以使用能力卡片让自己的数码兽提升战斗力,防御力,速度,和进化. 在这一部完全了解到了数码宝贝世界的形成,以及数码宝贝如何诞生  
还有进化所需的关键物品---神圣之光 
这一部还与四大守护神之一的朱雀兽战斗  
最终以人与数码宝贝合体进化 同心协力结束战斗  


第四部的主角是拓也 辉二等人 这一部说的是数码宝贝中的 十个远古十斗士留下来的斗士精神 人类继承这种斗士精神后变身为数码宝贝进行战斗,每种斗士精神所带表的属性也不同, 
分为:火(-水-风-雷-冰-土-金-木-光-暗  
数码宝贝发生过一次 人形与兽形数码宝贝的战争,后来六翅兽的出现才平息了战争. 可是许多年过去后,六翅兽慢慢地变成了残暴的统治者,最终出现了十个勇士齐心合力,将六翅兽封印到了黑暗深处,十位勇士化身为十斗士的精神,其精神交给了3位守护神保管.这十位勇士被后人称为传说中的十斗士. 3位守护神分别是: 
迪菲尼兽(黑大耳兽的究极休) 保管5个斗士精神 
究极天使兽(巴达兽的究极体) 保管3个斗士精神 
神圣天女兽(迪路兽的究极体) 保管2个斗士精神 
真到一天 迪菲尼兽也变成邪恶的统治者,封印了其它两位守护神 独自掌管数码宝贝世界,后由天女兽从人类选召了几名孩子进入了数码宝贝世界......  
这里还介绍了数码宝贝之神的守护者--皇家武士中的其中两个 

第5部的主角 大门·大 和他的数码宝贝亚古兽,这一部是讲人类欲与数码宝贝世界和平共处,但中途却遭到仓田博士统一世界的野心 滥杀数码宝贝而破坏,惹怒了数码宝贝之神  
主角大门·大 的父亲大门·英 发现了数码之魂能够促以提升数码兽的战斗力和进化 并能与数码宝贝们进行沟通，为成和平共处的关键元素. 
主角大门·大 身体藏着超越父亲的数码之魂 有着不放弃、勇往直前的信念.经历无数的战斗而成熟。 
最后突破了力量的极限，让究极体的数码宝贝爆裂进化为爆裂形态，与所有皇家武士及数码宝贝之神战斗，阻止他们破坏在类世界，并让他们亲身体验到了数码宝贝能够和人和平共处。