炸掉月球、又公开宣布即将於明年炸掉地球的神秘超破坏生物，突然表示要来日本的私立学校‧椚丘中学担任放牛班3年E班的导师！为了化解地球的危机，日本政府决定训练这个班级的学生来完成「杀死老师」这个重大的使命......

椚丘中学 一所强大的学校，这所学校的强大之处就是鲜明的等级制度。
A班 享受最高待遇，而E班，是一个连教室都在学校外面的小山上的一间小木屋。
而这等级制度，让A班对E班的同学，抱以歧视的态度。
造成这一切的就是学院理事长，
浅野学峯（Asano Gakuhou）椚丘学园理事长，创立十年就让学园成为全国屈指可数的优秀学校的铁腕经营者。“教育”能力非常强，非常擅长把学生们的干劲激发出来，坚持着自己的教育理念所以处处为难着E班。

炸掉了月亮的强大超生物，日本政府对这个怪物，无能为力，但是这个怪物，却自愿给政府杀TA的机会，当了这所等级制度鲜明的学校E班的班主任，原因是什么，暂时不明朗，但是小遥经过这段时间，感觉杀老师有可能因为他从人类变成怪物之前的事情。

就这样，一场学生与老师。
暗杀者与被暗杀者之间的故事，在这所破旧的E班教室展开了......

但是一帮普通的中学生，如何能暗杀这个炸掉月球的超生物？
如何能暗杀这个时速20马赫的章鱼？

就这样 面对怪物...

而这些暗杀者与杀老师，都有着自己的特长与特点。

暗杀者中最弱小的男生，却是拥有最强暗杀天赋的人。

但是，就算是这样。
也要杀掉。