长期以来，遗传工程一直被“神化”，宣扬为农业发展的新革命，而对它的负面危害却很少谈及。
目前，墨西哥禁止种植转基因玉米;欧盟暂缓进口转基因食品;日本、澳大利亚、新西兰等国家都要求在转基因食品上明确贴上标签，说明转基因成分的含量;英国的许多大超市禁止使用转基因生物作为原料生产食品。
欧美之间因"基因瓜果"导致贸易磨擦，原因是欧洲人不愿意吃美国人生产的"基因瓜果"。又后来，美国的一些"有识之士"提出，"基因瓜果"在销售时必须要有标识。新千年开始的3月26日，美国波士顿反基因改造食品大示威，3500人趁“生物2000年”大会举行之际，抗议食品制造商未对基因改造食品进行试验，也没有为消费者提供足够的相关信息。
1998年8月，英国教授普兹泰发现，老鼠食用了转基因土豆之后免疫系统遭到破坏;美国也有一些害虫的天敌因转基因植物致死的报导;2005年5月22日，英国《独立报》又披露了知名生物技术公司“孟山都”的一份报告，以转基因食品喂养的老鼠出现器官变异和血液成份改变的现象。这些消息在带给全世界震惊的同时，也使更多的人怀疑食用转基因原料制成食品的安全性。
转基因稻米会带来诸多生态环境和食品安全方面的风险。在食品安全方面，由于稻米在大多数情况下是直接食用的主粮，因此其安全性尤为关键。然而该非法转基因稻米的安全性被未经过长期评估，食用它是否安全仍存在很大疑问。在生态环境方面，由于转基因稻米在种植过程中可能发生转基因逃逸，通过花粉和种子，转基因会转移到相邻的同类型非转基因品种中。在中稻区试时，参加实验的65种水稻密密麻麻地种在一起，相互之间间隔只有大约30厘米，极容易发生转基因逃逸，造成大范围内的基因污染。

已经发现一种基因工程大豆会引起严重的过敏反应;用基因工程细菌生产的食品添加剂色氨酸曾导致37人死亡和1500多人残废。最近发现，在美国许多超级市场中的牛奶中含有在牧场中施用过的基因工程的牛生长激素。一著名的基因工程公司生产的西红柿耐储藏、便于运输，但它们含有对抗抗生素的抗药基因，这些基因可以存留在人体内。人造的特性和不可避免的不完美会一代一代的流传下去，影响其它有关及无关的生物,它们将永远无法被收回或控制, 后果是目前无法估计的
转基因食品对动物身体器官的损害，已经被英国知名生物技术公司的一份秘密研究报告证实。转基因食品的安全性普遍存在以下几方面的怀疑：1、产生毒素或增加食品毒素含量。一些研究学者认为，转基因食品可能增加微量毒素的含量，严重的会导致某些遗传类疾病。2、营养成分减少。英国伦理和毒性中心的试验报告说，转基因食品中对人体有益的成份减少了12%至14%。3、引起人体过敏反应，造成不可预知的后果。而天然食品却不存在以上的缺点，对人体是相对安全的。
我国食品安全专家叶永茂对此也提出了自己的观点：“转基因食品在理论上至少存在5大潜在危险：产生毒素，引起人类致癌致畸或基因突变，导致人体产生过敏反应，引起食物营养结构失衡，使人体产生抗药性，使自然和生态环境失衡，现在欧洲许多国家因此抵制转基因食品上市。”

转基因是饥饿问题救星的美丽误会
　　推动转基因食物的跨国公司声称，转基因可以解决饥饿问题。然而，经过仔细分析，人们会发现转基因只会令世界饥饿问题更加恶化。
　全球有八亿人长期食不果腹。在饥饿致死的人中，只有一成死于天灾或战乱造成的饥荒，其余绝大部分都是因为赤贫，无法取得足够粮食和营养，长期饥饿致死的。
　　联合国粮食及农业组织(粮农组织，1999)指出，现时世界粮食产量足以喂饱所有人。联合国开发计划署(1998)也指出，全球最富裕的两成人，消耗了近一半的肉类和鱼类，最穷的两成人却只食用了百分之三。
　　不少食不果腹的人，都住在盛产粮食的国家。印度是全球数一数二的饥饿国度，在九亿人口中，超过两亿人长期处于饥荒状态。与此同时，印度农业出口占国民生产总值三成，一九九九年，印度小麦及稻米储备达至四千万四百吨，比标准超出了二千万吨，然而，粮食依旧囤积，穷人依然饥饿。
　　即使粮食供应充裕，饥饿也不会自动消失。真正造成饥饿的，不是粮食不足，而是贫穷和资源分配不均。饥饿的往往是贫穷的人，他们缺乏谋生资源、防灾乏力，又缺乏社会保障，即使粮食再多，他们无钱买粮，只有饿着肚皮。既然如此，转基因食品当然不能解决饥饿问题。
转基因技术不是解决饥饿问题的答案，只会使得情况更加糟糕。转基因技术会恶化跨国财团对种子市场的垄断，从而使农民不能像千百年来一样储存、交换和种植不同的种子，更有可能要付出庞大的专利费来购买转基因的种子。

生物多样性是粮食生产和品种改良的基础。没有生物多样性，农民和科学家将难以利用不同的物种和基因资源来应付复杂多变的天然环境，抵御不可预知的自然灾害。转基因生物会造成生物多样性的丧失，因此是粮食安全的挑战。
　　此外，转基因农作物的花粉和种子会意外地传播到邻近田野，令相近的传统品种改变，如杂草在吸取抗除草剂的基因后，可能会变成「超级杂草」，这样，既扰乱了生态平衡，也对粮食生产构成危害;种植能对抗除草剂的农作物，也可能导致农民增加使用除草剂，对泥土和环境造成更大的损害。
　　最后，现在全世界种植的转基因作物大部份都是抗除草剂的转基因作物，它并没有提高粮食的产量，也没有增加食品的营养。
　　认为饥饿问题源于粮食不足，而转基因可以增加产量以解决问题，实在是一个美丽的误会。因为，饥饿的问题，并非源于粮食不足，而转基因，只能令饥饿问题恶化。

误会：粮食不足导致饥饿。
　　真相：全球有八亿人长期捱饿，其中三分二住在亚洲及太平洋地区的发展中国家，如印度、孟加拉国国、中国，四分一住在撒哈拉沙漠以南的地区(粮农组织，1999)。然而，不少数据资料却指出，真正造成饥饿的原因，并不是粮食不足，而是贫穷和资源分配不均。在2002 年，全球粮食产量足以提供每人每日所需的2,800 卡路里热量(Hunger Report, 2003) ，但饥饿问题仍然持续，可见问题不在产量，而在分配。联合国开发计划署(1998)又指出，全球最富裕的两成人，消耗了近一半的肉类和鱼类，最穷的两成人却只食用了百分之三。明显地，饥饿不是因为粮食生产不足，而是资源分配不均所致。不论是从事饥荒研究的学者，例如1998年诺贝尔经济学奖的得主、印度学者辛尔(AmartyaSen)，或是乐施会、行动援助组织(ActionAid)等长期关注饥荒和组织紧急救援工作的民间团体，皆异口同声地指出，现代饥荒的成因，往往是贫穷及分配不均所致，与粮食缺乏无关。
误会：穷国粮食生产少，人民自然要捱饿。
真相：不少长期捱饿的人，都住在盛产粮食的国家。印度是全球数一数二的饥饿国度，在九亿人口中，超过两亿人长期捱饿(粮农组织，1999)。与此同时，印度农业出口占国民生产总值三成，数量在发展中国家当中亦名列前茅。一九九九年，印度小麦及稻米储备达至四千万四百吨，比标准超出了二千万吨，然而，粮食依旧囤积，穷人依然捱饿(TheHinduBusinessLine,2000)。在粮食生产充裕的情况下，饥饿还是不会自动消失。1998年，由二十多个非洲国家，包括埃塞俄比亚、苏丹、卢旺达等组成的代表团发出声明，表达了他们反对转基因作物的立场，并指这种技术对他们的经济和贫穷情况毫无帮助。
误会：人口太多了，地球都容不下来!
　　真相：在一份报告中，粮农组织(2000)指出，粮食产量能够满足全球人口需要。在过去三十年间，虽然人口增长了七成之多，但粮食生产增长更快，人均粮食就增长了近两成。在发展中国家，情况也是一样。

　 早在1998年秋，苏格兰Rowett研究所的普兹泰教授(Pusztai)就在电视上公开宣称，他的一项未经发表的实验证明，幼鼠在食用转基因土豆后，幼鼠的器官生长异常，体重和器官重量减轻且免疫系统遭受破坏。这位教授当时没有说出的更惊人的内容是，这些幼鼠的肝脏和心脏都要比正常小白鼠小很多，免疫系统更脆弱，甚至脑部也比食用正常土豆的老鼠药小很多。他害怕在公众中引起恐慌。
　　1999年，美国康耐尔大学的研究者John Losey也在英国《自然》杂志上发表报告，用涂有转Bt基因玉米花粉的叶片喂养斑蝶，导致44%的幼虫死亡。
　　2007年，在奥地利政府的资助下，泽特克教授及其研究小组对孟都山公司研发的“转基因玉米NK603(抗除草剂)和转基因玉米MON810(Bt抗虫)的杂交品种”进行了实验。他先选取一组小鼠作为对照组，这组小鼠从出生到死亡所食用的饲料都不含有任何转基因作物。然后，再选取三组小鼠，这三组小鼠所食用的饲料都含有33%的转基因杂交玉米。对于食用转基因玉米的小鼠，对其观察4代，研究转基因作物对其繁殖能力的影响。
　　在经过长达20周的观察之后，泽特克发现，与食用不含转基因饲料的小鼠相比，食用转基因玉米的小鼠，其第3窝(代)小鼠和第4窝(代)小鼠的数量有了减少。也就是说转基因产品影响了小鼠的生殖能力。

　　从事基因工程的科研人员littmu网友列举了转基因的重大危险性，动物实验已经发现了一些转基因食物对动物的免疫、生殖功能的危害。
　　这些情况清楚地说明，转基因是一种存在着重大缺陷和潜伏着重大危机的一个研究方向或研究领域。
　 中国就是在这样的背景下，让大豆油等等转基因食品摆上了中国的超市，成为老百姓躲不过的食品，就是在这样的背景下，批准首个转基因水稻安全证书!
　　欧洲人为什么拒绝转基因大豆进入市场，为什么拒绝转基因食品，这本身不是已经很说明问题吗?如果转基因食品真的是安全或绝对安全的，欧洲人是没有理由要拒绝转基因的。欧盟对转基因食品实行全面禁令，中国有什么理由要开放转基因食品?中国这样做，不是把无知当真理吗?今天的中国的许多超市，充满了各种各样转基因的大豆油等转基因食品。弄得国人完全没有任何的知情权和选择权!中国这么做，是对民族负责的态度吗?
　　美国国家科学院的长篇科研调查报告都认为，“现有检验预测技术不能帮助我们在短期内看到那些长期潜伏后才显现出来的安全威胁，现有科技能力也不能帮助我们纠正和弥补那些威胁带来的损害损失”，这也就意味着，转基因对人类的影响，不是几年十几年能够看得出来的，它有时是需要几十年上百年甚至是几百年，需要几代人甚至是十几代人才能显性出来。中国凭什么就认为，转基因食品的安全的，无害的?
中国引进转基因完全是一个祸国殃民的行为。中国的主流“精英”能够保证说，转基因是安全的吗?答案是清楚的，他们不能保证!他们不敢保证!他们保证不了!!!
　　今天中国开放并放任转基因食品，如果在几十年或几百年以后，问题出来了，中国人开始出现免疫力下降，开始出现不孕不育的灾难，还有可能挽回吗?经历了几千年的中华民族不是要种族灭绝吗?
　　这该是一个多么可怕的局面!问题是，这样的局面是可能发生的，而一旦发生，将是不可逆转的，灾难性的，惨绝人寰的。某种意义上，引进转基因是一种比卖国更加邪恶的东西，卖国主要的国家利益的丧失，引进或放任转基因则可能灭绝中华民族!