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调解陈炯明黄士龙决斗
11月10日，胡汉民从香港回到广州，蒋尊簋主动解除了临时都督职务，胡汉民就任都督，组织广东军政府，丘逢甲被任命为教育部长。
广东军政府首脑和各部负责人中，同盟会员占了绝大多数，可以说牢牢掌握了军政府的实权。但革命党人和军政府内部，不久就出现了各派势力相互倾轧、争权夺利的情况。
一天，副都督陈炯明和参都督黄士龙两人被胡汉民召来开会，商议有关北伐之事。陈炯明在会上支持胡汉民的立即出兵北伐的意见，而黄士龙则提出“北伐似非其时”、“不如先固粤”。双方争执不下，加上两人素有矛盾，最后闹到要拔枪决斗。
胡汉民极力劝解也无济于事，只好请丘逢甲出面调解。丘逢甲既是陈炯明的老师，又是黄士龙的朋友，德高望重。陈、黄二人经丘逢甲调解，算是各自冷静了下来。
此后，经过军政府反复讨论，派出了以丘逢甲的学生姚雨平为总司令、邹鲁为后勤总监的北伐军，于1911年12月挥师北上。这支北伐军，在当时的北伐部队中装备最为精良，在与清军作战中屡创佳绩，对迫使清帝退位起了加速作用。
丘逢甲一直对广东北伐军“调护备至”，为之“请炮械、请增援”，“为之向前途各军接洽”。广东北伐军进军至南京时，他恰好也在南京参加临时中央政府的筹组，他写下了“将军北伐逐胡雏，并告徐常地下知”、“我护百粤军，饮水古建业”等诗句。
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率先讴歌民国诞生的诗人
丘逢甲一生诗作近万首，现在传世的有2000多首，主要收录在《柏庄诗草》和《岭云海日楼诗钞》中。
青年时期创作的《柏庄诗草》中，他写下了不少热爱台湾和祖国、揭露外国列强侵略野心与清廷腐败状况的诗篇;内渡后，人世沧桑、家国之恨集于一身，他写下大量爱国主义的诗作名篇;他晚年的诗歌之中，是对民主的追求和对共和国的热情讴歌。
1911年12月，丘逢甲作为广东军政府的三人代表之一，赴南京参加组建中央临时政府的独立各省代表联合会议。29日，会议决定建立中央临时政府，选举孙中山先生为中华民国临时大总统。
1912年1月1日，孙中山由上海赴南京，当晚宣誓就职，中华民国宣告成立。丘逢甲的心情异常兴奋，他对随员丘复说：“南京光复，临时政府又在兹地，民国当有三大文字祭告孝陵、延平、洪王也。”
孝陵是朱元璋的陵墓，延平指延平郡王郑成功，洪王即洪秀全。他拜谒了明孝陵、游览了莫愁湖、扫叶楼等名胜古迹，挥笔写下了《谒明孝陵》、《登扫叶楼》、《雪中游莫愁湖》三题共十首诗歌。
