1。慈氏五论不同。
藏传佛教慈氏五论为：《究竟一乘宝性论》，《辩法法性论》，《辩中边论》，《现观庄严论》，《经庄严论》。
汉传佛教慈氏五论为：《瑜伽师地论》，《分别瑜伽论》，《大乘经庄严论》，《中边分别论》（《辩中边论》），《金刚般若波罗密多经论》。

2， 因明学传承不同。
藏传因明以传授法称著作为主。汉传因明传承的是陈那的理论，以陈那《正理门论》为依据。法称完全接受了陈那的因三相学说，而在逻辑和客观事物之间的关系方面有不同看法。外景实有义为陈那所拒，而为法称所采用。这一点遂成为陈那量论与法称量论彼此不同之由来，也成为汉传因明与藏传因明彼此相异之根源。

3。藏传佛教称为密教，汉传佛教称为大乘显教。
在历史上密教曾一度在唐朝的长安相当盛行，但它却没有能在思想史上留下什么有价值的资料。正是因为历史的选择往往总是包含太厚重的历史传统文化情结，密教教义与中土主流儒家思想在道德伦理上互相抵触，而神秘的修行方式也难以与传统精神融合，所以密教在汉族语界区无法存在，倒是谴唐的日本僧人把密教带回日本，形成后来称为东密的密教。

4。汉传唯识学与藏传大中观区别。
唯识学说，只要抓住阿赖耶识这个总纲，一切问题都可解决。而藏传佛教认为这种以阿赖耶识为核心的修持方法与外道数论派毫无二致。认为禅定从无色之唯心中解脱则非成就也。

5。佛教经部著作未有汉译本。
大乘佛教经部（经量部）对慈氏佛教思想有巨大影响，而慈氏又是叁传阀轮时期佛教思想主要传播者。慈氏根据佛陀叁传阀轮时所讲的《如来藏经》，《胜宾曼经》，《央掘魔罗经》，《解深密经》，《楞伽经》等经文，摄集大乘经部思想撰著了慈氏五论等著作，对其后佛教思想的发展和教派的建立起到了阶段性理论基础作用。

6。汉传与藏传《究竟一乘宝性论》译文不同。
《究竟一乘宝性论》是专门探讨如来藏的代表性论典。汉藏译本不同处，正好说明对此论的不同认识，即对如来藏的不同认识

9。藏传佛教遵从慈氏五论中《显观庄严论》，汉传佛教遵从慈氏五论中《瑜伽师地论>。
〈 瑜伽 师地论〉是早期瑜伽行派论经，而〈现观庄严论〉是重建和重新诠释瑜伽行派理论时的论经，这一点由日本佛教界已经论证了。这两部论经根本区别在于，〈瑜伽师地论〉坚持界理论结构的多元论，而〈现观庄严论〉是糅合一元与多元论两种因素。由此对瑜伽行派的理论藏传佛教与汉传佛教有巨大区别。

10。对佛陀说法时期的不同认识。
藏传佛教持叁传鍅抡观点，汉传佛教持五时之说。这里区别有三。第一，叁传鍅抡有时间次序，是与佛教从小乘到大乘的发展史相一致的，也被世界大多数人所采用。第二，叁传鍅抡有一个从初级到高级的传法过程，对应的授众者接受能力也有一个从弱到强的差异，即佛教所说慧根，叁传鍅抡表明佛教是遵因才施教原则。第三，叁传鍅抡有一个了义与不了义的区别，有一个方便说法的含义在其中。这也与佛教从兴起到发展再到高潮的历史进程有关。而汉传佛教五时划分则完全看不出这些内容。
有一个了义与不了义的区别，有一个方便说法的含义在其中。这也与佛教从兴起到发展再到高潮的历史进程有关。而汉传佛教五时划分则完全看不出这些内容。

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