第一卷
阿难因外出乞食被摩登伽女用幻术摄入媱席，将毁戒体。如来放光并勅文殊师利以神咒往护，遂将阿难及摩登伽女来归佛所。阿难见佛，顶礼悲泣，悔恨自己一向多闻，道力未全，因而启请宣说十方如来得成菩提妙奢摩他，三摩，禅那最初方便修行法门。佛告知诸佛如来的唯一成佛三昧修证法门，名"大佛顶首楞严王三昧”、具足菩萨万行功德、十方如来一门超出妙庄严路。
佛以破立辩论，七处征心破除阿难的我执，并开示佛、魔二种修行根本，又以侨陈如尊者宣说主人、客尘为例，开示六根知觉是自性清净正觉，六尘外境是自性颠倒无明幻觉。一切众生不知道自己常住不灭、清净圆满的菩提真心自性，被执着攀缘的无明妄想所迷惑颠倒，生死轮转亦是菩提自性所化现的。
第二卷
以代表世俗弟子的波斯匿王请问，佛开示见性等六根知觉即为真心自性无生无灭、本然清净正觉的外在显现，而真心自性与无明妄想不过是抬手与垂手的颠倒之相，本性无二无别。
又阐明一切世间万物万法唯菩提自性所幻化，用以手指月，见精无所归的举例来苦劝大众放下向外攀缘心而向内证取如来菩提自性。又以捏眼所见二月幻影与真文殊来阐明根识与外境皆为菩提自性幻化，无二无别。
佛又以破立辩论破除阿难对因缘自然的法执，开示一切众生的六根知觉所产生的二种颠倒分别妄见（别业妄见与见分妄见），产生了众生生死轮回的因果业报。又以破立辩论阐明见见之时，见非是见：即见性等六根精明的知觉并不受无明妄想迷惑，不是因缘和合所成，是修证如来清净正觉的入手之处。
又指出世间色、受、想、行、识五种阴魔（注：物质色阴、感知受阴、思维想阴、时间变迁行阴、现象分别识阴），乃至六根，十二处，十八界以及十方世界万法万物本来就是菩提真心自性幻化，以破立辩论开示为什么这五阴本是真心自性如来藏妙真如性。
第三卷
佛又一一详细以破立辩论开示为什么六入（注：眼、鼻、耳、舌、身、意）、十二处（注：视觉与物质、嗅觉与香味、听觉与声音、味觉与味道，触觉与身体，思维与意识）、直到十八界（注：能发生认识功能的六根：眼界、耳界、鼻界、舌界、身界、意界，作为认识对象的六境：色界、声界、香界、味界、触界、法界，和由此生起的六识界：眼识界、耳识界、鼻识界、舌识界、身识界、意识界）
又以破立辩论来分析地、火、水、风、空、觉、识这七大组成世界与众生的基本元素，都本是真心自性如来藏妙真如性的真实义理。最后法会大众破除了我、法执妄想，认识了真心自性本来面目，以偈颂赞叹佛并发愿。
第四卷
由大阿罗汉富楼那请问世界与众生的根本来由，佛即开示了众生产生无明妄想的根本：将觉明妄为明觉，即于真心自性所微妙幻化的万象中妄起了执着攀缘心，因为这一念无明而错乱化现出四大和合的器世间虚空世界，以及胎卵湿化的十二类众生，又因众生贪欲的攀缘心而产生了杀、盗、淫三种分别妄想相续，从而让众生沉沦生死轮回苦海，又是这一念无明而使世界有了生生不息的轮回相续。
佛以迷路人颠倒方向为例来开示这自性与无明本性无二无别，众生觉悟不迷即是如来。又以虚空包容万物，水中日影随缘而现来阐明菩提自性的真空妙有，心佛众生无二无别，真心自性一真不二。如来以正觉能妙用自性，众生因无明而错乱自性。
佛以演若达多无故颠狂为例，开示众生无明妄想本无根源可说，非因缘非自然，狂心歇即菩提。又以衣中宝珠为例开示菩提自性不从外得。
佛以破立辩论破除阿难执着因缘自然的法执，指出菩提自性无功用道不从修得，能断杀、盗、淫三种妄缘即现菩提自性，菩提自性清净本然无有生灭，若执有所本体而不生不灭又落自然邪见。
阿难又请问如何入手修证菩提自性，佛开示以二种修行发心决定义：
一、要以菩提自性圆满清净，常住不灭的真觉为修行因地，才能证取如来不生不灭的果位。开示了世间五浊烦恼产生的原因，以及如何初伏烦恼，永断无明。
二、要知道这生死轮回的因果业力到底是谁作谁受。开示了世界妄想来由以及身体六根知觉功德的圆满程度。提示以最圆满的知觉根来一门深入修证解脱。又开示了众生六根知觉的来由与六根解脱无明即亡（六解一亡）的义理。
佛最后让罗候罗撞钟，着重以耳根闻性的圆满遍知与不生灭性，来开示证实如来菩提自性的究竟圆满功德。又埋下了伏笔点出了以耳根闻性，能最快速圆通修证菩提的原理。
第五卷
阿难请问身心的无明妄想根结以及如何解脱，十方如来以法身现身说法：指出身心六根即是众生无明妄想根结所在，亦是十方如来解脱涅盘的修证出路。佛又进一步开示了六根知觉与外境本是菩提自性所幻化，两者无二无别。如果对外境立知攀缘即无明妄想，而对外境知见无见即是菩提自性。
佛以偈颂开示：要觉悟一切万法万物皆是菩提自性幻化，应当转识成智，将六根所感知的外境变化观照成自性智慧心念幻化，又不落入有、空的两处执见，即能证入无上首楞严王三昧境界，弹指一念间即超越无学阿罗汉果位而直证菩提佛果，这是十方如来唯一真实成佛法门。
阿难不悟六根解脱无明即亡（六解一亡）的义理而请问，佛以绾巾成结后又如何解结并遂一解除，来开示阐明六解一亡的义理：在首楞严王三昧的修证中逐步破除我执、法执，最后证入不生不灭的无生法忍境界。
阿难等弟子未能领会佛的苦心开示，依然以攀缘心来希望佛能赐予最后成佛的秘密加持。佛无奈命令各自以十八界与七大现象入门修证成就的二十五位圣贤现身说法，阐述自己当初入门修证的方法与过程。
憍陈如尊者（耳识界）、优波尼沙陀尊者（色界）、香严童子（香界）、药王药上二法王子（味界）、跋陀婆罗尊者（触界）、摩诃迦叶尊者（法界）、阿那律陀尊者（眼界）、周利盘特迦尊者（鼻界）、轿梵钵提尊者（舌识界）、毕陵伽婆蹉尊者（身识界）、须菩提尊者（意界）、舍利弗尊者（意识界）、普贤菩萨（觉大）、孙陀罗难陀尊者（鼻识界）、富楼那弥多罗尼子尊者（舌界）、优波离尊者（身界）、大目犍连尊者（眼识界）、乌刍瑟摩金刚神（火大）、持地菩萨（地大）、月光童子（水大）、瑠璃光法王子（风大）、虚空藏菩萨（空大）、弥勒菩萨（识大）、大势至菩萨（声界），
这二十四位圣贤奉佛旨，各各宣说最初在这十八界与七大现象中，如何证入首楞严王三昧而得道的修行方便法门。
第六卷
最后观世音菩萨宣说从耳根闻性入手思惟修证的‘闻思修’耳根圆通法门，即以最为圆通菩提自性的耳根闻性入手，销亡世间的声音动静二相，观照为耳根闻性所幻化，这样渐渐增加定力来修证菩提自性清净真觉，从而证入无上首楞严王三昧，
观世音菩萨又开示了以这样闻熏闻修功德而所证得金刚三昧无作妙力，能成就三十二应化身，入诸国土救度众生。又一一阐明由耳根闻性所证得的种种境界而获得的十四种无畏功德，以及四种不思议无作妙德。
佛让文殊师利选出最适合娑婆世界众生根机的法门，文殊菩萨以偈对佛，再次阐述了以十八界现象来修证如来菩提自性的原理，并对比了二十五圣所入手修证的十八界现象与菩提自性的圆通优劣。
最后赞叹观世音菩萨的耳根圆通法门，并列举了耳根功德为什么是最圆通菩提自性的功德妙用，指出自己也是修证这法门成就的。
阿难觉悟了真心自性与耳根圆通法门后，向佛请问末法众生如何才能远离种种魔事的干扰，能够顺利清净的修行并证入首楞严王三昧。佛强调摄心为戒，更为说戒淫、戒杀、戒盗、戒妄语这四种决定清净明诲，末世众生要严持清净戒律修行，远离各种魔事业障的侵扰，才能证入首楞严王三昧。
阿难因外出乞食被摩登伽女用幻术摄入媱席，将毁戒体。如来放光并勅文殊师利以神咒往护，遂将阿难及摩登伽女来归佛所。阿难见佛，顶礼悲泣，悔恨自己一向多闻，道力未全，因而启请宣说十方如来得成菩提妙奢摩他，三摩，禅那最初方便修行法门。佛告知诸佛如来的唯一成佛三昧修证法门，名"大佛顶首楞严王三昧”、具足菩萨万行功德、十方如来一门超出妙庄严路。
佛以破立辩论，七处征心破除阿难的我执，并开示佛、魔二种修行根本，又以侨陈如尊者宣说主人、客尘为例，开示六根知觉是自性清净正觉，六尘外境是自性颠倒无明幻觉。一切众生不知道自己常住不灭、清净圆满的菩提真心自性，被执着攀缘的无明妄想所迷惑颠倒，生死轮转亦是菩提自性所化现的。
第二卷
以代表世俗弟子的波斯匿王请问，佛开示见性等六根知觉即为真心自性无生无灭、本然清净正觉的外在显现，而真心自性与无明妄想不过是抬手与垂手的颠倒之相，本性无二无别。
又阐明一切世间万物万法唯菩提自性所幻化，用以手指月，见精无所归的举例来苦劝大众放下向外攀缘心而向内证取如来菩提自性。又以捏眼所见二月幻影与真文殊来阐明根识与外境皆为菩提自性幻化，无二无别。
佛又以破立辩论破除阿难对因缘自然的法执，开示一切众生的六根知觉所产生的二种颠倒分别妄见（别业妄见与见分妄见），产生了众生生死轮回的因果业报。又以破立辩论阐明见见之时，见非是见：即见性等六根精明的知觉并不受无明妄想迷惑，不是因缘和合所成，是修证如来清净正觉的入手之处。
又指出世间色、受、想、行、识五种阴魔（注：物质色阴、感知受阴、思维想阴、时间变迁行阴、现象分别识阴），乃至六根，十二处，十八界以及十方世界万法万物本来就是菩提真心自性幻化，以破立辩论开示为什么这五阴本是真心自性如来藏妙真如性。
第三卷
佛又一一详细以破立辩论开示为什么六入（注：眼、鼻、耳、舌、身、意）、十二处（注：视觉与物质、嗅觉与香味、听觉与声音、味觉与味道，触觉与身体，思维与意识）、直到十八界（注：能发生认识功能的六根：眼界、耳界、鼻界、舌界、身界、意界，作为认识对象的六境：色界、声界、香界、味界、触界、法界，和由此生起的六识界：眼识界、耳识界、鼻识界、舌识界、身识界、意识界）
又以破立辩论来分析地、火、水、风、空、觉、识这七大组成世界与众生的基本元素，都本是真心自性如来藏妙真如性的真实义理。最后法会大众破除了我、法执妄想，认识了真心自性本来面目，以偈颂赞叹佛并发愿。
第四卷
由大阿罗汉富楼那请问世界与众生的根本来由，佛即开示了众生产生无明妄想的根本：将觉明妄为明觉，即于真心自性所微妙幻化的万象中妄起了执着攀缘心，因为这一念无明而错乱化现出四大和合的器世间虚空世界，以及胎卵湿化的十二类众生，又因众生贪欲的攀缘心而产生了杀、盗、淫三种分别妄想相续，从而让众生沉沦生死轮回苦海，又是这一念无明而使世界有了生生不息的轮回相续。
佛以迷路人颠倒方向为例来开示这自性与无明本性无二无别，众生觉悟不迷即是如来。又以虚空包容万物，水中日影随缘而现来阐明菩提自性的真空妙有，心佛众生无二无别，真心自性一真不二。如来以正觉能妙用自性，众生因无明而错乱自性。
佛以演若达多无故颠狂为例，开示众生无明妄想本无根源可说，非因缘非自然，狂心歇即菩提。又以衣中宝珠为例开示菩提自性不从外得。
佛以破立辩论破除阿难执着因缘自然的法执，指出菩提自性无功用道不从修得，能断杀、盗、淫三种妄缘即现菩提自性，菩提自性清净本然无有生灭，若执有所本体而不生不灭又落自然邪见。
阿难又请问如何入手修证菩提自性，佛开示以二种修行发心决定义：
一、要以菩提自性圆满清净，常住不灭的真觉为修行因地，才能证取如来不生不灭的果位。开示了世间五浊烦恼产生的原因，以及如何初伏烦恼，永断无明。
二、要知道这生死轮回的因果业力到底是谁作谁受。开示了世界妄想来由以及身体六根知觉功德的圆满程度。提示以最圆满的知觉根来一门深入修证解脱。又开示了众生六根知觉的来由与六根解脱无明即亡（六解一亡）的义理。
佛最后让罗候罗撞钟，着重以耳根闻性的圆满遍知与不生灭性，来开示证实如来菩提自性的究竟圆满功德。又埋下了伏笔点出了以耳根闻性，能最快速圆通修证菩提的原理。
第五卷
阿难请问身心的无明妄想根结以及如何解脱，十方如来以法身现身说法：指出身心六根即是众生无明妄想根结所在，亦是十方如来解脱涅盘的修证出路。佛又进一步开示了六根知觉与外境本是菩提自性所幻化，两者无二无别。如果对外境立知攀缘即无明妄想，而对外境知见无见即是菩提自性。
佛以偈颂开示：要觉悟一切万法万物皆是菩提自性幻化，应当转识成智，将六根所感知的外境变化观照成自性智慧心念幻化，又不落入有、空的两处执见，即能证入无上首楞严王三昧境界，弹指一念间即超越无学阿罗汉果位而直证菩提佛果，这是十方如来唯一真实成佛法门。
阿难不悟六根解脱无明即亡（六解一亡）的义理而请问，佛以绾巾成结后又如何解结并遂一解除，来开示阐明六解一亡的义理：在首楞严王三昧的修证中逐步破除我执、法执，最后证入不生不灭的无生法忍境界。
阿难等弟子未能领会佛的苦心开示，依然以攀缘心来希望佛能赐予最后成佛的秘密加持。佛无奈命令各自以十八界与七大现象入门修证成就的二十五位圣贤现身说法，阐述自己当初入门修证的方法与过程。
憍陈如尊者（耳识界）、优波尼沙陀尊者（色界）、香严童子（香界）、药王药上二法王子（味界）、跋陀婆罗尊者（触界）、摩诃迦叶尊者（法界）、阿那律陀尊者（眼界）、周利盘特迦尊者（鼻界）、轿梵钵提尊者（舌识界）、毕陵伽婆蹉尊者（身识界）、须菩提尊者（意界）、舍利弗尊者（意识界）、普贤菩萨（觉大）、孙陀罗难陀尊者（鼻识界）、富楼那弥多罗尼子尊者（舌界）、优波离尊者（身界）、大目犍连尊者（眼识界）、乌刍瑟摩金刚神（火大）、持地菩萨（地大）、月光童子（水大）、瑠璃光法王子（风大）、虚空藏菩萨（空大）、弥勒菩萨（识大）、大势至菩萨（声界），
这二十四位圣贤奉佛旨，各各宣说最初在这十八界与七大现象中，如何证入首楞严王三昧而得道的修行方便法门。
第六卷
最后观世音菩萨宣说从耳根闻性入手思惟修证的‘闻思修’耳根圆通法门，即以最为圆通菩提自性的耳根闻性入手，销亡世间的声音动静二相，观照为耳根闻性所幻化，这样渐渐增加定力来修证菩提自性清净真觉，从而证入无上首楞严王三昧，
观世音菩萨又开示了以这样闻熏闻修功德而所证得金刚三昧无作妙力，能成就三十二应化身，入诸国土救度众生。又一一阐明由耳根闻性所证得的种种境界而获得的十四种无畏功德，以及四种不思议无作妙德。
佛让文殊师利选出最适合娑婆世界众生根机的法门，文殊菩萨以偈对佛，再次阐述了以十八界现象来修证如来菩提自性的原理，并对比了二十五圣所入手修证的十八界现象与菩提自性的圆通优劣。
最后赞叹观世音菩萨的耳根圆通法门，并列举了耳根功德为什么是最圆通菩提自性的功德妙用，指出自己也是修证这法门成就的。
阿难觉悟了真心自性与耳根圆通法门后，向佛请问末法众生如何才能远离种种魔事的干扰，能够顺利清净的修行并证入首楞严王三昧。佛强调摄心为戒，更为说戒淫、戒杀、戒盗、戒妄语这四种决定清净明诲，末世众生要严持清净戒律修行，远离各种魔事业障的侵扰，才能证入首楞严王三昧。
