故事的主角 真央 是当天负责看守京都大门的阴阳师，而朵拉则以协助抓妖魔为由与真央一起行动。期间朵拉多次询问真央将来是否愿意成为阴阳院总长。当得到否定的答案后，朵拉的情绪不知为何显得非常低落。

当夜幕降临，正要关闭城门之时，半空中却突然出现一面奇异的大门，此门乃是能够连接各界的罗城门之灵所化（即罗生门，日本京都正南的大门也叫这作死的名字）。大量妖魔从其中涌出。在混乱中真央遗失了召唤式神的符咒因而陷入绝境。为了解救真央，镜解除了自身的封印。

真央在镜的掩护下回到了阴阳总院。而负责断后的镜却被朵拉所偷袭。镜在弥留之际看到了朵拉眼中的悲伤，于是选择了自毁。并告诉朵拉“朵拉姐，不要伤心…我并非被你所杀，主人就拜托你了…”
镜死后，朵拉告诉负责监视自己的墨染樱“回去告诉崇德。我的任务完成了。所以，我不会在参与之后的任何行动。” 随后扔掉从真央处偷取的符咒，消失在夜幕中。

一切如同崇德天皇预料的一样，八咫面对破碎的铜镜果然再也无法继续保持一贯的沉稳与冷静， 决意独自前去摧毁罗生门之灵，斩杀作乱的妖魔。 她吩咐红豆和霞，若自己在天亮后仍未归来，便唤醒所有沉睡在京都的守护之灵，并招集京都所有愿意为帝都奉献生命的总院阴阳师，当局面无法逆转时，他们将以自身为祭品协助真央召唤天照再次降临尘世。

八咫在做完这一切安排之后便独自走出了阴阳总院，没想到在却在门庭前遇到了全副武装的巫女稚刀。 “师傅，我知道，所谓的守卫帝都，摧毁罗城门之灵只是你的借口罢了。因为您一直把镜视为亲生的女儿一般，所以，为了替她报仇你情愿独自去赴死。是么？”“稚刀，你放肆了！”八咫仰起的手狠狠的打在巫女稚刀的脸上。“师傅，你知道吗？虽然你只曾把镜看做自己的女儿，可是，把你视为母亲的却并不只有镜一人，如果您死去了，我也不会独自活在这世上…所以，带我一起走好吗？至少，我希望在死的时候可以和只属于我自己的母亲在一起...”

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天亮时，妖魔终于退去。当城门开启的时候，人们发现了一面破碎的古镜与断裂的稚刀。
在第二天夜幕降临的时候，妖魔再次降在城中，并且这次率领众妖魔的是身为妖魔三大统领之一的酒天童子。
初降临人界的茨木童子面对孩童状态的真田幸村毫无戒备，因此被其轻易斩杀，悲痛至极的酒天童子理智全失，现出了原型，开始胡乱的攻击一切出现在眼前的生命。在帝都之灵与妖魔的合力围攻之下，最终被童子切击中要害，重新化为人形。酒天临死前，童子切询问其来临人界的理由，酒天喃喃的说：“因为茨木...总是如此快乐的茨木...不该生活在如此阴暗的妖魔界…让茨木获得幸福…让茨木永远拥有笑容，就是我唯一的野心…即使为此要我杀光所有人类也无妨…即使茨木无法生活在阳光下...我也想让她体验人类才会有的幸福...比如花开了...比如风儿好舒服...茨木，你一定会很开心吧...”酒天童子在微笑中闭上了双眼。

可众人没有想到的是，酒天的死却加速了京都的沦陷，因酒天之死而疯狂的众妖魔在崇德天皇和玉藻前的带领下对帝都京都发起了自杀性的总攻，帝都之灵死伤大半。
最终，召唤天照降临的仪式启动了。随着众多阴阳师的死亡，通往高天原的通道终于被打开了。可降临于此地的却并非天照，而是月读。赤月降临于京都城，在赤红的月光下，不管是阴阳师还是式神都失去了战斗力。而妖魔则获得了空前强大的力量。在崇德天皇的带领下，众妖纷纷向月读下拜，并称其为主。

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这时罗城门之灵化为猩猩在次出现，开始吞吃那些死后游荡于京都的灵魂。却被月读秒杀，猩猩在死前大骂月读与崇德“背信弃义”。随着猩猩的死亡，立于京都千年之久的罗城门也轰然倒塌。

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在混乱中，朵拉突然出现，救走了因为召唤月读而脱力的真央，向罗城门倒塌的方向突围而出。即将逃离京都城时朵拉被墨染樱击伤。最终在月读的强行干涉下墨染樱和德宗天皇只得答应放二人离去。

熊猫君#(不要嘛)，难道你要跟老熊猫一样神隐了吗

看着逐渐远去的二人，月读悲伤的低下了头：“姐姐，对不起。这是我能为你做的最后一件事。就让他们带你离开吧，从今后开始，我将只为我的子民而活，因为，它们只剩下我了...不管是白天黑夜，人类都可以被整个世界所容纳。为何人类却容不得我那只能存活于黑暗之中的子民们！既然如此…那我便让这京都化为永夜，变为只属于它们的乐土...”

离开京都后，外面的世界已经快到黎明时分。朵拉终于因为伤势过重倒下了，如今的朵拉已经无法抵御阳光的侵蚀，只得紧紧握住真央的手，静静的等待死亡的来临。
朵拉将手中的一颗勾玉交给真央，并告诉他这是装有镜魂魄的锁魂玉，只要用它修复了镜的本体，镜便可以在次复活。真央痛苦的问朵拉，当初为何要询问自己愿不愿意成为阴阳院总长，如果自己的选择是愿意，那这一切悲剧又是否可以改变。朵拉恢复了一贯嘲讽的笑容“已经发生的事，即使后悔又有什么用。我只是觉得，你和镜都是一样的笨蛋…如果换做你们这种笨蛋来管理阴阳院的话，不管是人类，式神，还是妖魔也许都会被公平的看待吧…” 这时，从真央的身体内出现了一团红色的光球，光球驱除了朵拉身上的妖力，使朵拉陷入沉睡。