这场鼠疫还引发中医与西医的一场纷争。
当时香港鼠疫流行，死人如麻，香港西医说中医不识治疫，请港英政府禁绝中医。而中医界则联络士绅，上书港英政府华民政务司，请将鼠疫病人交给中医，西医各一半，表列成绩，不作空谈，一考，中医疗效超过西医。西医不服，二考，成绩以百分计算，西医得三十余分，而中医得六十余分。由此中医得以保全。

易巨荪认为，仲景将百合、狐惑、阴阳毒合编，以其皆是奇桓病。他见鼠疫病人有吐虫的，大渴引饮，就嘱咐病人早晨喝升麻鳖甲汤，晚上用白虎汤送服乌梅丸。如果见到病人痊愈，但卧起不安，语言错乱而为百合病，按百合法治疗而愈。

还是1911年的鼠疫：
有个很有影响的旧医团体，不知道怎么巧舌如簧说服了道尹，由政府出资4000元，设立了一所鼠疫病房，采用中医疗法，这所病房于4月1日开张，由12位中医负责，每位每月薪资100元，应其所请，伍连德他们将10位已确诊的病人于4月1日至4日送去医治，结果全死，4月5日这些不知深浅的家伙告饶了：别送病人了，我们治不了……可这短短的5天之内4000元就打了水漂，这帮孙子糟蹋起钱来是眼都不眨的，要知道那次防疫伍连德的防疫处花费才38000元，可伍连德的防疫措施拯救了多少人？

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黎庇留治疗过一个患鼠疫的女病人，十八岁，高热，大渴，谵语，胯下出核，非常疼痛，而且已经神智不清了。黎庇留给她开出了大剂量的升麻鳖甲汤加犀角，嘱咐要日夜连服二剂。
第二天，这个病人已经清醒一半，黎庇留在原方基础上加了龙骨牡蛎，升麻加大到二两，继续服药，下午，病人已经清醒了，黎庇叮嘱继续服药。
第三天上午，病人自行来医局复诊，病已经痊愈，与正常人无异。

谭星缘、黎庇留、易巨荪认为升麻鳖甲汤是治疗鼠疫的验方，他们在十全医局用此方治愈很多鼠疫病人，当时的广州，真正知道如何治疗鼠疫的医生极少，所以十全医局对名医能治疗鼠疫到消息，很快在广州不胫而走，十全医局每天都被挤得水泄不通。

当时鼠疫杆菌没有发现，抗生素也没有出现，当时治疗鼠疫，只能靠中医。 广州城中实际治疗瘟疫的主要力量是中医。多数中医此前也未曾治疗过此病，同样需要从头开始探索。医家李钟钰记载：“予当光绪甲午年需次粤东，初见斯病。其时省垣医生鲜知其病所由来，但名曰核症，而无从考其核之所由起，或从温治，或从凉治，十死八九。”

在1894年之后，广东各地的鼠疫仍然经常发作，中医的治疗经验也不断成熟。新会医生梁镜泉在1894年用黄蜞吸血法配合散瘀提阳药治疗，效果一般，“惟是症初起医治无由，逼得借而用之，本非善法”。后来逐步总结经验，放弃了吸血法，单纯用中药重剂治疗，效果非常理想，经验收载于《疫核医最易》一书。而广东高州罗汝兰在吴存甫基础上也发明了新的更有效的治法，他的著作《鼠疫汇编》成为近代流传最广的中医治疗鼠疫专着。

甲午年中医在短短一两个月内就能探索出有效治法，即使算上以后不断丰富成熟的时间，也不过一二十年。相比之下，近代西医从1894年发现鼠疫杆菌到出现有效抗菌药物，大约用了四五十年的时间。所以在1894年时流行着一句话：“省港大鼠疫，中医当救星。”由此可见，传统医学的丰富经验与辨证模式，在应对新病种时是有积极意义的。这也正是为什么古代没有“非典”、禽流感等病名，而中医却能治疗的原因。只不过，中医疗效与医生的辨证能力有很大关系，不像西医技术标准化易于推广。

西医速成，教了如何隔离病人、消毒…就能披上护士之衣，知道用哪些药…就是医师。再说前去送死的西医还不都是中国人？谁能否认中医在那场鼠疫中没尽力。只是前去爱国青年被西医利用了。只能说中医的难度高，能学有所成的不多，所以很多人都以为中医越老越吃香。另外我觉得国内中医发展受到很太限制。

黎庇留第一次用本方是治其叶姓朋友的婢女，用本方后数小时，便渐渐清醒，已能下床，以后再服几剂，便告痊愈。因当时中医界流传着用：“升麻不过五”的说法。黎氏恐人非议，事前先把升麻研末，制成药饼，每个重一两三、四钱，处方中升麻仅用一钱许，但嘱病人在煎药时要放两枚同煎，即升麻每剂之用重为二、三两之多了，日服两剂，危者三剂。

上述说明本方治疗鼠疫并不是一个人的偶然经验，而是经过多位医学家临床验证，经得起重复考验的。当时黎庇留、陈伯坛、谭星缘、等均为清末省港名医，有否参与香港中西医界纷争其事？则有待考证矣。
由于治疗鼠疫取得疗效，黎庇留于甲午（1894年）创办了“广州太平十全堂”，丙申（1896年）又创办了“衷圣医院”，在这两个中医机构为患鼠疫的市民赠医施药，救活无数。
从清末省港鼠疫流行的侧面可见，祖国医学几千年来与疾病作斗争的过程中，确实积累了不少宝贵经验，应该努力发掘。加以提高，中医药学在历史上为中华民族的繁衍昌盛立下了不可磨灭的功勋。

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升麻鳖甲汤用升麻二两，当时世人皆惑于升麻不过七分之说。黎庇留怕他们虽开方，病人却必不敢服，提出每剂照旧开五分升麻，但是可以自己购买大量升麻，将其研成粗末包以相赠，嘱煎药时与药同煎。每包为升麻一两三四钱，每一症以二包作一剂煎服，病重的还可以让病人再拿一两包煎作茶喝，这样每天实际服下的升麻就是二三两了。如果不是他们深谙仲景之道，用药果敢，这场鼠疫还不知道要死多少人