当前在电子商务和ERP建设中存在诸多问题：
电子商务与ERP被割裂开来，没有统一规划和统一设计;两个系统下的采购数据、销售数据和财务数据没有进行合并。使数据失去一致性和完整性;软件资源、硬件资源和数据资源没有充分共享，造成建设成本过高和存储空间浪费;把电子商务片面理勰成电子商店或仅仅建立一个网站;往往ERP直接采用市场上的商品软件，而电子商务则自己开发，不能实现两者的会话与集成。
企业通过电子商务在网上拿到订单后，应能立即将订单信息传递到企业内部ERP系统，以便采购、生产、财务、销售各部门组织安排原料、资金、生产和预售。如果企业前端的电子商务和后台的ERP系统脱节，会导致很多关键的信息和数据被封闭在相互独立的系统中，从电子商务平台上获得的销售订单、市场信息不能及时传递到后台ERP系统中;同样，由于没有电子商务系统与ERP系统的集成，前台的电子商务系统也不能读取ERP系统中的有关产品的价格、客户等信息，造成前后台信息的脱节。企业物流、资金流和信息流不能有机统一，数据的一致性、完整性和准确性不能保证，部门间重复着冗余的工作。不能对客户作出迅速及时有效的响应。使企业工作效率下降以及运营成本上升，从而给企业自身带来极大的损害。因此，企业的电子商务和ERP的集成不容忽视。现在的ERP必须能够适应互联网的应用，支持跨平台的多组织的应用，并和电子商务系统之间有广泛的数据、业务逻辑的接口。企业在构建后台ERP的同时，必须做好与前台电子商务系统的高度集成。