那个 en/nen 第一种情况是表示谈话的主题对象，第二种情况是表示对比
i/ka 是表示句子的主语。
具体的区别不必过于计较，当然还有些约定俗称的固定搭配 这些 是需要记住的
主要多看看 把你遇到的这些都总结一下 然后 对照我说的 就自然理解了
以上是在韩国上的《延世韩国语》教的，或许其他教材有不太一样的地方？ 但是《延世韩国语》还是很权威的。

我其实也弄不清楚这个

他们说的都有点复杂，은/는有三种用法，首先名词有韵尾音时用은，这样就会音变，使句子读起来更通顺，没用韵尾音时用는。
1）介绍人或事物时用在名词后面。例1：손담비 씨는 한국 사람이에요.（孙丹菲是韩国人）
例2：안나 씨는 캐나다 사람이에요.（安娜是加拿大人）注：손담비（孙丹菲）是名词，씨（小姐或先生）没有韵尾音所以用는 。
2）用来作比较两个以上的事物。例如: 앤디 씨 방은 작아요. 그런데 마이클 씨 방은 커요.(安迪的房间小，可是麦克的房间大。) 注：방（房间）有韵尾音"ㅇ",故这里用은。

3）强调是什么。例如： 백화점이 비싸요.하지만 물 건은 좋아요. （百货商店价格贵，但是东西好。） 注：同 2）。
이/가是主格助词，表示主语。没有韵尾时用가，有韵尾时用이。例1：미나 씨가 여기 있어요.（美娜在这儿。）注：씨（小姐或先生）没有韵尾音所以用가 。
例2： 선생님이 도서관에 있어요. （老师在图书馆）注：선생님（老师）是助词，에表示在某处。님的韵尾音是"ㅁ"，所以这里用이。
如果楼主喜欢韩国语可以看看我的帖子
【韩语唯美语录】
http://tieba.baidu.com/p/2209636375
【韩文字体120种】打包下载以及学习技巧
http://tieba.baidu.com/p/2331221195?pn

都主语助词 一个有韵尾的时候用 一个没韵尾的时候用

同问，是和日语的wa和ga的区别一样吗，i/ka是ga,另一个是wa？【我感觉用法和日语里一样……一样的话至少对我来说就好理解了……

简单点。都是主格助词。이/가 表强调。는/은表事实。。