小光在学校围棋部棋力日渐增强。一天，他偶遇海王中学围棋部会长岸本，岸本告诉小光，塔矢亮已经通过职业棋士考试，如果不奋起直追，永远也无法超越对手。岸本的一席话惊醒了小光，为了提高棋艺，他决定参加日本棋院院生考试。然而，小光忘记了一旦成为院生便无法参加业余比赛一事，激起了三谷的不满。最后，在将棋部会长加贺的建议下，小光以一敌三，同时与加贺、筒井、三谷对局，结果2胜1负，充分展示了自身的实力。他告别了围棋部，迈向新的起点。
院生考试当天，小光因为心情紧张，未能发挥出理想的水平。但主考老师得知他学习围棋不过一年时间，对其进步之快十分吃惊，并从小光以一敌三的棋谱中发现他有过人的素质，故破格给予其合格。小光跟随老师参观院生的教室时，无意中透露塔矢亮曾经视自己为竞争对手，引起众人的警觉。但很快，小光便和和谷、伊角等人结为了好友，融入了新环境之中。
此时，塔矢亮已经正式晋升为初段，他听说小光成为院生，心中再次燃起昂扬斗志，决定远远将小光抛在身后。在与王座的例行比赛中，他为向小光展现两人之间的实力差距，面对实力高于自己的对手毫不畏惧，步步紧逼锋芒毕露，令王座陷入苦战。虽然最后不敌对手，但给众人留下了深刻印象。
一年一度的幼狮战即将到来，这是一场年轻棋士与院生之间的锦标赛。为了能与塔矢亮再次交锋，身为院生二组最后一名的小光必须在三个月内晋升至一组16名。他加入和谷的老师森下九段的围棋研习会，努力钻研棋艺，但是在院生研修课上却屡战屡败，名次徘徊不前。佐为提醒小光，在对局中不能畏首畏脚，必须勇往直前。小光克服了心理障碍，状态渐入佳境，名次稳步上升，终于如愿以偿地获得了幼狮战的参赛资格。小光十分清楚，只有在第一轮比赛中出线，才能与塔矢亮对阵。在比赛中，他巧妙地化恶手为妙手，对手陷入苦战。虽然棋差一招最后未能出线，但小光真切的感受到了自身的成长，塔矢亮也从残局中发现，小光的实力已经今非昔比。
参加职业棋手考试，是院生们的第一目标，伊角、和谷等人在院生中名列前茅，可免试参加正式考试，但小光仍然要突破预赛这一难关。他由于过于紧张，在前两场比赛中连续告负，但此后状态逐渐恢复，最后一场比赛轮空不战而胜，以3胜2负的成绩通过预赛。和谷等人为帮助小光积累经验，3人组队前往各个围棋会所挑战，击败众多业余高手，令小光受益匪浅。
在正式考试中，小光恢复了往日的平静，他沉着应战，十几轮比赛过后，战绩始终位居前列。然而职业棋手的名额只有三人，激烈的决战在积分位于榜首的越智、伊角、和谷和小光四人之间展开。由于战绩保持不败的伊角在比赛时无意犯规，小光违心地获得了1分。伊角情绪低落，连输2轮比赛，但在与越智的比赛中再度燃起斗志，击败了对手，令局势更加扑朔迷离。塔矢亮为了解小光的实力，协助越智展开特训，不料小光在对局中奇兵突袭，打乱了越智的阵脚，大败对手。最终，小光以优异的成绩，出人意料地通过了职业棋手考试。
小光没有想到，自己首场职业比赛的对手竟是塔矢亮，他怀着满腔的期待来到赛场，不料由于塔矢名人急病卧床，塔矢亮未能参加比赛。小光前往医院探望塔矢名人，为满足佐为的心愿，他请求名人和sai在网上一决胜负。名人答应了小光的挑战，与佐为在网上展开了一场空且绝后的鏖战。两人棋逢对手，战局难分高下，最后佐为棋高一着，以半目之差取胜，完成了心中的夙愿。
佐为早已发现，自己在人间的时日已经无多，他没有告诉小光，只是默默的守护着小光的成长。一天，小光突然发现，整日与自己形影不离的佐为失去了踪影。他四处寻找佐为，追寻本因坊秀策的足迹踏遍了全国各地，却依然没有找到佐为的下落。小光茫然若失，决意不再下棋，每天等待着佐为的归来。此时，伊角从中国棋院回到日本，前来探望小光，他再三要求与小光对局，终于打动了小光。小光手执棋子，刹那间不禁泪如泉涌，他突然明白了一切，原来佐为已经融入了自己的心中。为了佐为，也为了自己，他决心将自己的一生奉献给围棋。
小光回到阔别数月的职业棋坛，他意气风发捷报频传，再次与塔矢亮交锋。这一战虽然依然告负，但塔矢亮从小光的身上，清楚地看见了佐为的身影。两位天才少年终于冰释前嫌，结为了毕生的竞争对手。
