2和X代，先是X军的进攻，然后发现火星人和X军结盟，最后火星人叛逆，主角去就X军元首。。。
3代：先是火箭坠落海滩，出现变异螃蟹。然后陨石坠落，世界上出现许多怪异生物（僵尸，食人花等）最后火星人抓走了主角，救吧。。。结尾为迷团（枪落到鱼头上，还打出THE ..END？字样）
4代：标志为A的组织进攻没剧情。
5代：由步行两用机甲的资料光盘失窃为开端，引出死神为首企图毁灭世界的神秘组织，解决方法：拿起枪。。。迷团：黑坦克，
6代：先是火星人和X军再次结盟，没想到半路出现金星人，它们以火星人为食。X军元首请求主角重启火星之根，消灭金星人。
7和XX代：X军进来活动频繁，主角在垃圾岛出击，并捣毁了基地。突然，时空扭曲，出现一个时空裂缝。另一个时空的X军由于没有主角的干扰，实力很强，于是主角去摧毁超时空X军和时空裂缝