再生水系统与自来水系统同属于城市供水系统，但由于再生水并不能饮用，也不适宜人体长期直接接触，因此其建设和使用过程中都有一些注意事项：
建设中，再生水管道应有明显的标示，严禁再生水管道与城市自来水管道、城市消防给水管道连接，以免误接误用，对人体健康造成危害。
使用中，应加强再生水设施、再生水管道等各供水环节的水质监测，并制定充分的应急预案和措施。
另在特殊情况下，如再生水用于水景喷泉、洗车时，伴随着再生水雾化的过程，再生水中可能存在的病原微生物进入到空气中，形成微生物气溶胶，并可能通过呼吸等方式进入人体，对身体健康造成影响。因此可能接触到再生水雾化气溶胶的工作人员（如车辆清洗人员等）应该采取一些必要的常规防护措施，如戴口罩、戴手套等，以保证这些工作人员的身体健康不会受到不必要的影响。