“那位先生”（あの方）
　　姓名：不详
　　性别： 男
　　年龄：不详
　　简述：“那位先生”即组织内成员对黑衣组织首领的称呼。但黑衣组织首领的身份一直是一个谜，即使在漫画中也从未以组织首领的身份露面或者有过一个剪影。现在已知他所“宠爱的女人”（GIN语）是苦艾酒。此外，在425 Black impact ！被组织的魔掌触碰的瞬间中曾提到，他下令苦艾酒协助暗杀任务。而且，组织的首领手机号码在鸟取县（TV387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲 ）中由于苦艾酒的电话被窃听，从而得知，但因其危险性，被哀劝阻，所以柯南并没有拨打此号码。据说作者青山刚昌曾经在2006年的一次访谈（《朝日新闻》2006年1月13日晚刊）中指出组织的首领其实是之前的漫画中出现的人物，并得到了大部分柯南迷的支持，且由此产生了一些猜测。
　　初登场：未知，存在是否已登场的疑问

gin 代号：琴酒 （GIN ジン）
　　姓名: 黑泽阵(在''人鱼失踪记''和漫画中曾出现）(猜测）
　　性别：男
　　年龄：28-38(预测）
　　简述：琴酒是组织中最早出现的人物，Vodka的大哥，新一就是被他从背后打倒，再灌下了毒药APTX4869。他的年龄、国籍和真名都是一个谜。永远都是一身黑色长风衣，黑色的帽沿下披散的银色长发，和一张总是那样邪恶的脸。残酷无情，极度冷静，有着冷酷的眼神，右眼闪着寒光，杀过许多人也不在乎的样子，在组织里似乎有极高的地位，只要达到他的地位就可以见到“那位先生”，主要负责很危险的暗杀和重要交易。和雪莉似乎有很深的关系，是个智能型的罪犯，和柯南多次交手都只吃过一次亏（M13 柯南用灯罩【而这个灯罩是被直升机扫射时击中，掉在柯南身边的】把他乘坐的直升飞机打了下来）。有一辆从德国买来的黑色保时捷，型号是356A，左撇子。貌似被贝尔摩德喜欢,但具体暧昧情节在动画版中删掉了。
　　劲敌: 赤井秀一(已失踪或已死亡)、工藤新一(江户川柯南)
　初登场：漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》TV：001 云霄飞车杀人事件

代号：伏特加（Vodka ウォッカ）
　　姓名：不详
　　性别：男
　　年龄：不详
　　简述：琴酒的助手，也是早期登场的人物，GIN的贴身助手兼司机。新一当时便是目睹了他和不名男子的交易。Vodka长的非常壮，头脑简单，遇事没有主见，做事稍嫌不细密，全听琴酒的，尊称琴酒为「大哥」。有几次险些中了柯南的计而暴露组织的情况，幸由琴酒发现而得以弥补.
初登场：漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》TV：001云霄飞车杀人事件

代号：龙舌兰（Tequila テキーラ，死亡）
　　姓名：不详
　　简述：组织人物之一，关西口音的大汉，在一次在和满天堂公司职员交易的时候因拿错箱子在与GIN通话时被误炸而死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。

代号：卡尔瓦多斯（Calvados カルバドス，死亡）
　　姓名：不详
　　简述：组织人物之一，似乎是苦艾酒的助手，是个枪法很准的狙击手。所持来福枪、手枪、猎枪等各种武器。最喜欢用的是来福枪。原因：直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件中，贝尔摩得说“用你最爱的来福枪……”。头次出场带着3把枪，之后就被赤井秀一打断双腿.然后在自己被捕前自杀了。真是个倒霉的家伙，连个面都没露，连句话都没说出来……不过在2006年的SP TV425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间 中，在组织成员chianti和korn的回忆中出现过一个剪影，大约是一个戴眼镜的瘦高个子。
　　初登场：漫画：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件

代号：基安蒂（Chianti キャンティ）
　　姓名：不详
　　简述：组织的优秀狙击手，狙击上限为650yard。因为苦艾酒的行动害死了卡尔瓦多斯，对她非常反感。
　　初登场：TV： 425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间

代号：科恩（Korn コルン）
　　姓名：不详
　　简述：组织的优秀狙击手，和基安蒂是搭档，射击能力也与她不相上下。似乎和之前死去的卡尔瓦多斯关系很好。同样反感苦艾酒。

代号：波本（Bourbon バーボン）
　　姓名：不详
　　简述：谜一样的组织成员，对他的认识之少可以说仅次于那位先生。最早的“登场”来自于水无怜奈在返回组织后给FBI的一通电话中。水无怜奈提到组织为寻找雪莉而派出了强大的侦探。这名侦探很可能是组织高层人物，但是连水无怜奈也没有听说过，而他的代号就是波本（Bourbon ，一种烈性美国威士忌）。在随后的漫画中，可以感受到波本已经出现在柯南的周围。但并没有被明确地指出。有人认为赤井秀一死后忽然出现的大学生冲矢昴就是波本，因为冲矢昂暂住在新一家里，在TV511中最后他有喝Bourbon，而且露出神秘的笑，但他也可能是赤井秀一假扮的。也有人猜测，失踪后又再次出现的秀一才是真正的波本。因此，这个人物虽然应该已经出现过了，但他究竟是谁还是一个谜。
　　初登场：TV：509 红白黄色与侦探团

代号：未知
　　姓名：艾莲娜·宫野（宫野エレーナ 死亡）
　　简述：宫野志保的母亲，可能是英国人。从英国到日本留学时遇到厚司，此后结婚。虽然跟阿笠博士见过面，但因为其寡言少语，所以留下了不知道在想些什么的印象。虽然在组织中被称为地狱的坠落天使（HELL ANGEL），但把录有自己声音的录音带委托给宫野明美交给女儿志保。录音带里反映出其对女儿志保的事情非常重视的想法。性格忧郁阴沉，小哀的阴沉是她的遗传？与丈夫一同死亡。还有很多未可知之处，其真实身份也是个谜，但是从留给女儿的录音带中可以了解到她其实很关心小哀。在《金钱买不到的友情》中被博士提到。

代号：IRISH（死亡）
　　姓名：不详
　　简述：M13黑衣组织派去警视厅的内奸，Vermouth帮其易容成松本警视。因GIN杀害尊敬如父的匹斯可，在得知柯南真实身份后并未告诉GIN,想抓住柯南去见那位先生，来扳倒GIN……最后为了救柯南死于“基安蒂”的狙击之下。
　　初登场：剧场版M13 漆黑的追踪者（就1次） 　　代号：未知
　　姓名：冈仓正明（死亡）
　　简述：组织间谍（NOC），卷入了一起杀人案被杀害。
　　初登场：第十三部剧场版——漆黑的追踪者（未正式登场，只是作为被害人被提到）

代号：黑麦威士忌（RYE ライ，失踪，下落不明！！）
　　 赤井秀一 姓名：赤井秀一（あかい しゅういち　akai shuichi）
　　化名：诸星大（代）
　　年龄：不详。推测大约为28—30
　　爱车：雪弗莱C1500（黑色皮卡）
　　简述：FBI中最忌惮的搜查官（在500前后集的水无说过，照搬），曾经在黑衣组织卧底，得到BOSS的赏识获得代号黑麦威士忌。以青山刚昌偶像红色彗星“夏亚”为原型创作的人物，宫野明美的男友，为进入组织曾接近明美，不过假戏真做陷入情网，后无奈与其分手，似与明美的妹妹志保有很深的关系。作为卧底在组织待过三年，逐渐崭露头角成为重要骨干成员，又因FBI安德鲁·卡迈尔的失误被迫逃离组织，之后回到纽约，追击VERMOUTH，与黑组织的几次交手都呈现较大的优势，多次从枪口下救出灰原、柯南、毛利、JUDY、JAMES等人，组织BOSS及GIN认为他是可以射穿黑组织心脏的银色子弹（SILVER BULLET），是一个头脑一级，身手一级，枪法一级的人。平时总戴黑色针织帽，（492集受伤时没有戴），和GIN同为左撇子。在漫画单行本57—58与组织会击，为保护水无怜奈的卧底身份不被泄漏壮烈牺牲。不过大多数人认为这不过是个幌子，是青山掩人耳目的一招。File.622初登场的大学生冲矢昴，因为一些原因被认为可能是赤井秀一假扮的。于File.677登场，他的右脸上留下一块烧伤的疤！疑是在当时他的汽车在爆炸时被烧伤的！赤井秀一还活着这件事恐怕就只有朱蒂老师知道（她也是在677话时才知道的），水无怜奈想必也应该知道！具体情况还有待观察！

姓名：中岛英明（貌似还活着）
　　性别：男
　　简介：他与黑衣组织的龙舌兰进行过交易，组织用高价从他手里买了一些偷来的程序。但是龙舌兰拿错了箱子后被误炸死，这次交易没有成功。柯南忠告他最好和警方合作，争取得到警方的保护。他的后续内容没有再交代。
　　初登场：漫画：Vol.12 File.4 《突如其来的遭遇》TV：054 电玩公司杀人事件

姓名：原佳明（死亡）
　　性别：男
　　年龄：32
　　简述：日本的游戏工程师。因为入侵黑衣组织电脑而被GIN所杀害。
　　初登场:第五部剧场版——通往天国的倒计时。（只1次）