FL-3000N采用射频＋被动寻的＋红外组合多重制导方式。对海最大拦截距离为高速6公里，低速9公里。可执行多发瞬间齐射，间隔时间不超过3秒或者单发拦截发射，导弹速度高、重量轻、反应快速、制导精度高，可有效拦截各种超音速和亚音速掠海反舰导弹。FL-3000N导弹具有被动射频与红外成像和全程自主红外成像两种制导模式，可以轻松斩落以主动方式或被动方式来袭的反舰导弹。FL-3000N导弹发射后锁定目标。发射后不管，强大的火力可同时对抗多个目标的饱和攻击。FL-3000N武器系统完全胜任海军在复杂环境下对抗多平台作战的要求，满足当前和未来战争的舰艇自卫防御的需要。

FL-3000N武器系统组成简单，主要包括武控台、发射系统和筒弹。一套武控台可以控制舰艏和舰尾的两套发射系统，形成全方位的多重保护。发射系统配装24发导弹，提供持续的火力打击。发射系统也有12联装、8联装和4联装多种形式，适应不同舰艇的装载需求。此外，现代舰艇上已有的传感器可以为FL一3000N提供作战所需的信息。因此，FL-3000N可以适装大到航空母舰小到巡逻艇的各型水面舰艇，成为海军装备的王牌武器。

FL-3000N的发射系统包括发射架与发射架伺服控制装置等。发射系统的俯仰角和可变换方位角很大，而且反应速度快，可以在短时间内应对来自多个不同方向的来袭目标，有效对抗饱和攻击。发射系统为箱型发射架。标准型号为24联装，配装24发导弹，以提供强大的持续火力打击。此外，还有12联装、8联装和4联装等多种形式，以适应多种不同舰艇的装载需求。根据推测，FL-3000N可能有两种发射方式，即自动发射和半自动发射。自动发射的全过程完全依靠舰载火控系统。当传感器发现目标后，完成将识别目标等工作，将信息传送给控制系统。随后控制系统解算出射击诸元后，将信息发送给火控发射系统并引导导弹瞄准并发射。半自动发射方式，发射人员要参与识别目标和发射导弹。这两种发射方式各有优缺点。可以互为补充。，动发射方式的反应速度快，应对多批次、多方向饱和攻击的能力更强。

FL-3000N舰艇自卫防御导弹武器系统的典型作战使用方式是：由舰（艇）上的雷达对空中目标进行搜索、跟踪与识别，同时还要探测目标所发射的电磁波的波段。当确认该目标或目标群需攻击后，将目标的距离、方位、高低角、目标发射的电磁波频段送到导弹武器控制系统。随即，第一批待击导弹在发射前几秒内就作好一切准备。包括启动导引头的陀螺和红外探测器致冷。当控制人员人员决定要摧毁来袭目标(群)时，就按下发射按钮，导弹就点火，发动机产生巨大推力，使导弹脱离发射架飞向空中目标。FL-3000N即可单射，也可齐射。当第一批导弹发射后，第二批导弹已作好再发射准备。可根据需要随时发射第二批、第三批，直到把发射架上的导弹全部发射完毕。随后由自动装填系统再向发射架上装填导弹，然后再发射导弹，直到来袭目标(群)被全部摧毁。这种发射形式对付反舰导弹饱和攻击极为有利。随着需求发展，今后FL-3000N还可以发展成一个系列化防空系统。例如可以改装到陆军车辆底盘上成为一种有效的陆军近程防空系统。