故事讲述的是从东京都西部被分割出来的学园都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力不同，可以分为7级，从无能力（Lv0）到绝对能力（Lv6），而其中只有七个LV5的佼佼者，分别是第一位的一方通行、第二位的垣根帝督、第三位的御坂美琴、第四位的麦野沈利、第五位的食蜂操祈、还没出场的第六位和第七位的削板军霸。故事的主人公上条当麻是这里的一个无能力者，一直过着不幸的生活，但他并非完全没有能力，而是他的能力是能够将一切异能效果无效化的右手，名叫幻想杀手。 　　某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位修女，这位少女自称自己的名字叫禁书目录（Index），从魔术的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，上条当麻的命运被彻底改变……掌握了十万三千本魔法书（魔导书）的少女与拥有抹杀一切幻想的“幻想杀手”右手的少年，将面临一系列惊险故事……