【朱先生到底是研究哪门学问的】
从佟掌柜口中，得知教小贝读书的朱先生是“搞老庄的”的，可以确定此人是研究道家学说的，而且小郭一篇文章题目叫“孔贼”，把老夫子一顿狠批，正中朱先生下怀，可见朱先生是看不起儒家学说的，甚至是怀有很强烈的鄙视。而事实上，道家一直以来都认为其学说要比儒家更高一个层次。而看不起儒家学说的朱先生，居然会教儒家启蒙读物《三字经》以及《论语》，这个是很不合理的，是在说明儒道合流么？既是如此，小郭的“批孔”和朱先生“搞老庄的”情节应该就是多余的。
这是前后情节未能衔接

【吕秀才是儒家还是反儒家】
同福客栈知识竞答，吕秀才出了个题目：格物致知的始作俑者 A朱熹 B王阳明 C王重阳 D王沪生。格物致知是儒家思想的重要概念：格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下。而“始作俑者”却是一个不折不扣的贬义词，意思就是第一个做坏事的人。难道吕秀才是反对这些儒家概念？还是反对朱熹、王阳明所倡导的宋明理学？作者没有说清楚，宋明理学是建立在这些概念之上，但是第一个提出“格物致知”的是儒家经典《大学》。到最后也没有交代清楚，不能不说这个地方存在着自相矛盾的地方。

【燕小六老妈究竟对小六咋样】
老邢被撤职，小六接任捕头一职，客栈众人教小六怎样做一个好捕快，其中吕秀才教他背《大明律》，背错了打手心。吕秀才说自己脑袋好使，是从小被打的，小六接着说他老妈从小也打他，为什么脑子不好使？怎么打的？用棍子抡用板砖拍，打他后脑勺，可见打得不轻。而到了公孙乌龙吓唬邢捕头，燕小六为他出头，白三娘给了他一记耳光，这时候，燕小六说连他老妈都舍不得这么打他。那么他老妈对他是好是凶呢？

【燕小六到底是廉是贪】
为了追查私盐案件，燕小六跟老白互换身份，老白巡街半天，就有商铺打了红包给他，从剧中表达的现代主义观点，这个收费是不合理的，这不属于他本身的合法收入，虽然不像李大嘴当捕头时那么明火执仗。燕小六问老白，他们为嘛给你钱。老白回答新官上任总得表示表示，你没拿过？燕小六的回答表明是拿过的。而这个情节跟他在客栈里蹭吃蹭喝是不一样的，跟他自夸的不收红包的说法也是不一致的。那么燕小六究竟是怎样一个人呢？

【银子的价值】
有人说50中关于银子的价值，是比较符合当时实际情况的，像店里的伙计，月薪好像都是2钱银子，还找出很多所谓的史料加以佐证，可谓面面俱到，像同福客栈，最火的时候每天赚六钱银子。好吧，这些都可能是史实，但是有一个细节，怡红楼一次性就交了七百多两税银，我当然不知道那个时候缴税的比率，按50%吧，其毛利就要达到一千四百两以上，就算怡红楼每天赚一两银子，需要四年左右的时间，而佟湘玉入主同福客栈以后，也就经历了两年时间，怡红楼可能赚这么多钱吗？而且小米说过怡红楼价格并不贵，小郭也说过七侠镇也并不富裕，这样的话，七百多两税银更是天文数字了。

【锦衣卫不大可能是太监】
锦衣卫不同于东西两厂和内行厂，虽然两厂权力在锦衣卫之上。就算是东西两厂，也不可能都由太监担任，一般只是由皇帝的心腹太监担任主要首领。尤其是锦衣卫，主要是对皇宫以外，对京师对直隶省监视一切官员乃至草民，是皇权对外的特务机构，严格来说，是不允许太监担任的，可能在特殊时期特殊事件中，有过某个特例，那也是担任比较重要的职务，掣肘锦衣卫实权。如果展堂是太监，又是大内锦衣卫，那么他的职位一定是位高权重，千里迢迢护送包大仁去京城，这个概率基本为零，除非他不是太监。
明清两代，对宦官的管理是非常严格的，太监的权力受到皇权极大的压制，即便像刘瑾、魏忠贤这样权势熏天的人物，皇帝收拾起来，还是比较顺利的。像御膳房总管诸葛孔方，居然可以告老还乡，这个也是不能想象的。