这个要从漫画的初期设定讲起了
当初这本漫画是准备被腰斩的，这个故事也就是卷岛大伯的大楼被炸掉后要结束的。
后来因为读者反映不错才继续画的，所以造成有些设定不严谨了。
比如卷岛大伯的大楼叫日本支部，后来神山下的遗迹基地也叫日本支部
其实遗迹基地才是当时的日本支部，而卷岛大楼可以看成是低一个级别的分部
还有一点，
关于神将管辖地区的划分，不要吃惊！日本支部是和欧洲支部，北美支部等一系列支部平级的。因为这是日本漫画家的狭义思维的作怪，非要让日本成为一个平级的支部。其实常看日本动漫的也不会吃惊，日本漫画家会这么做的不在少数（记得中文站的某大神说过，这漫画要是新加坡人画的，我们就要接受新加波支部了。。。。。知足吧，至少中国支部还是有的）


至于吉欧的去向，这是我的推测之一
吉欧调制完成后并没有直接接任地区支部长
而是在亚利桑那本部打酱油学习了一段时间，期间还参与了日本遗迹的研究项目等等的科研项目
查遍十年精华本和卷末设定，对克诺斯的权力分级大概理解一下（压制战前）
阿卡是统帅，为第一级别
巴卡斯为开发局局长和统治局局长辛恩平级，为第二级别
其实地区支部长（北美，南美，澳洲，非洲，欧洲，俄罗斯（前苏联），中国，印度及沙特地区，日本）九大支部长为第三级别

不必为了初期漫画中几个不严谨的设定奇怪
吉欧仅仅是日本支部长而已。为神将中第三级别中的一员

我不知道他在哪里，不过我觉得可能性最大的是刚接受完兽神将训练，至于在哪，不知道

总亚利桑那总部空降到日本支部当总司令嘛

各位都提出了很多各自的看法，使我对卡巴这作品有了更多的了解
于是结合各位观点后我又稍稍总结了下：
1，吉欧对组合的了解证明其一直参与了遗迹的调查（应该不是日本的活遗迹，而是乌拉努斯圣柜，否则无法得知超存在的信息）
2，他知晓那些信息是在自己被调制成神将前（因为唯一漏网没被其灭口的村上的老师试图趁其在调制槽内时消灭他）
3，他在组合出现不久就空降到了日本。
4，补充下，吉欧被调制应该是在总部，当时其他十二神将齐集，轻易镇压了针对吉欧的叛乱。
5，再补充下，吉欧一开始见到村上时没有发觉村上是他的实验体。
结合以上5条，我猜测吉欧很可能是在调查遗迹方面有很大的成果，同时他又拥有适合成为神将的体质，于是被老巴看中，使他成为了第十二神将
而在吉欧进入调制槽前，他已经基本将知晓超存在这个信息的科研人员灭口，唯一还活下来的村上的老师（原谅我没记得这个教授名字）在其进入调制时试图叛乱，而在此同时日本活遗迹方面传来了发现组合的消息（此时吉欧应该已经在调制中）
叛乱失败了，吉欧调制完成（调制时间估计需要数年之久），清醒后得到了发现组合以及出现叛乱的消息，没来得及管叛乱，直接就空降到日本（可惜组合已经被偷走，他只来得及取得了和组合一起发现的利姆巴）
于是我要猜测，吉欧之前是一直在总部的，他调制完成后得知日本出现组合，于是以总司令之名义空降到了日本，这样解释大概还算合理吧？