大家都记得在生化危机2里威廉的妻子告诉Ada事实真相的事吧，威廉研究的g病毒最后被老鼠享用，老鼠后把病毒散布到Reccooncity，那么那些g病毒都散播到哪里去了？感染谁了？hunk拿的也只是一支病毒试剂而已。还有，按照我们看到的威廉感染病毒的情况，生物感染g病毒后会引发不断的进化变异，那么即使老鼠们没能散播，自身也会变异到可怕的程度，谁知道这方面的事后来如何了？
还有一个老问题：按照整个剧情，Jill的last escape是比生化2主角早的，奇怪的是她到了警察局后警察局里的门怎么会被木板钉上的（不要说什么是为了防止jill进入那些门capcom故意钉的，警局二楼不是也有个被堵上从外面进不去的门么）？几小时后生化2主角来访这期间是谁把木板又卸下来了？还有马丁的问题：那小子在生2里不是还和leon对话了吗，怎么在生3里他先死了还留下个马丁报告书？