艾米矿物改变了山楂树的基因，让原本开白花的山楂树开出了红花。它既然能改变植物的基因，那么同样也能够改变人类的基因。接近艾米矿的老三和二队的队员，被它散发的不甚强烈但足以改变生物基因的辐射感染，变成了另外一副模样。 他们，就是人类之中开红花的山楂树。 这里有一个疑问，既然靠近艾米矿，就会被其辐射改变，那么西坪村的老百姓住了这么多年，怎么没事呢？ 电影里，同样给出了解释。 电影里提到，静秋的妈妈身体有病，需要吃核桃冰糖。因此西坪村村长家老二得了老三授意，特意给送来一大口袋核桃。说明核桃是西坪村的特产。 核桃这种东西富含多酚和脂多糖，正是防辐射最好的食品。宇航员因为要生活在外太空，辐射强烈，因此核桃是太空食品中的必备成分。 所以，习惯吃核桃的西坪村民安然地生活了这么多年，而外地前来的地质勘探队，却惨遭大变。 说到这里，《山楂树之恋》这部电影真正的主题，已经呼之欲出。 开红花的山楂树，正是老三悲剧性命运的象征。他与山楂树是两体同命，而且比它更不幸。同样是被改变了基因，山楂树开出红花，被当成**象征为人颂扬，而老三则只能眼看着自己一步步地丧失理智，终于变成一个异类，被军队控制直到临终。他和勘探二队的不幸遭遇，是这部电影在主线下潜藏的另外一根线。 而对这一切茫然无知的静秋，仍旧在变异的山楂树痴痴地思念着自己的爱人。 这部电影的名字，不该叫做《山楂树之恋》，而是叫做《山楂树之变》。
