Warner在2005年选择跳出合同，也打消了一切有关Eli无法成为Giants四分卫的念头。Coughlin也进入了完全依赖Eli执掌进攻的一年。而Eli也极少被要求完成制胜一传。在他的前两场比赛中，Eli的表现不错，拿下了两场胜利，而他在第三场客场挑战圣地亚哥的比赛中发挥出色。这对于Eli来说使一次考验，因为Chargers的球迷让他感受到了这一点。而他在进攻端也顶住了压力，传出了352码。然而不幸的是，Giants的防守没有抵挡住Ladainian Tomlinson和他的队友们，以23-45输掉了比赛。
而随后球队以44-24战胜了圣路易斯Rams，迎来了反弹，而Eli也创下了职业生涯最高的单场四次触地得分的记录。而在接下来对阵丹佛的时候，他表现卓越，导演了对Broncos的第四节大逆转。他同时在对阵Vikings的时候导演了比赛末端的反攻（尽管明尼苏达赢得了比赛）。
在那一年里，球队一直起伏不定，但是Giants打出了胜多负少的战绩。他们的防守可以依靠，而在进攻端他也拥有Barber，Amani Toomer 和Jeremy Shockey这样的武器，他总是有着不错的选择。尤其Barber的表现引起了轰动，通过冲锋和传接一共推进了超过2300码。
Eli也以557次传球，294次成功，3762码得记录结束了赛季。24次触地得分让他接近了NFC的顶峰，然而不巧的是，他的17次被断也名列前茅。尽管Eli在四分卫的评分中将近垫底，Giants还是轰下了惊人的422分。在比赛胶着的时候，他看上去很疲劳，而球迷们也主演厌倦了他在比赛走势不顺时令人愤懑的“为什么是我”的表情。

这些对于Eli的质疑也随着Giants一起进入了季后赛。11胜5负的战绩让他们登上了NFC East的冠军，但是他们看起来却缺乏自信，卡罗莱纳Panthers在Giants体育馆的死忠面前以23-0羞辱了他们。Eli在下半场就贡献了三次被断，这场失利也是季后赛25年里主场球队首次被零封。
而当2006赛季开始的时候，球迷们则更愿意原谅和忘记过去的不快。纽约的揭幕战占满了NFL的头条，因为Giants将主场迎战Colts。这场比赛也被视为Manning的家族内战。Eli打得很不错，但是Peyton带走了胜利。很快Eli就将那场失利泡在了脑后，在接下来一周对阵Eagles的时候来了一次完美的反弹。新人Plaxico Burress很快就成为了Eli最喜欢的传球对象，Giants也在赛季前半段取得了6胜2负的优异战绩。
然而，随后的伤病削减了球队的战斗力，球队成绩也开始下滑。左截锋Luke Pettigout腿骨骨折告别了比赛，这也让Eli暴漏在盲区的冲截中。然而在Giants需要高质量传球的时候，他看起来提心吊胆而不采用口袋战术。纽约很快就分崩离析。
纽约球迷们感觉到现在是Eli掌控俱乐部的时候了。当他还没有这么做的时候，Barber，Shockey和每个队员都开始质疑他的领导力。而与此同时，Coughlin也处在离队的边缘。而拯救球队的球员则是Barber。在球队常规赛最后一场比赛里，他在战胜Redskin的比赛里豪揽234码和三次触地得分。得益于古怪的赛制，8胜8负的Giants得以跻身季后赛。

即便球迷和管理层都不信任Eli，他的队友们还是支持他。在第二次输给达拉斯之后，球队的老板之一John Mara在公共场合批评他年轻的四分卫。而Eli则在随后对阵底特律Lions的比赛中用出色的表现作出了回应。然后一周之后对阵Vikings的比赛又让他陷入了口诛笔伐。在那场尴尬的17-41的失利中，Eli三次被对手抢断，最后都转化为触地得分。在Eli极度需要支持的时候，Giants最终在疲软进入常规赛最后一周之前锁定了季后赛资格。
纽约在常规赛最后一场的对手是新英格兰。在15胜0负战绩的背景下，Patraiots在完成一项使命。而一场失利对于Giants来说也丝毫不会影响他们的季后赛排名。在这样的情况下，Coughlin是否应该派遣主力还是让主力休息备战首轮对手坦帕湾Buccaneers引起了一些争论。

Coughlin则告诉他的球队去全力争胜。Eli也清楚自己面对什么样的对手，他也打出了自己赛季的最佳表现。他传出了很多妙传，做出了很多优秀的决定，让Giants领先进入第四节。尽管最后他们以35-38输掉了比赛，Eli领衔的四次触地得分给予了球队极大的信心。在Eli的带领下，他们带着可以战胜一切对手的信念进入了季后赛。毕竟，他们距离战胜史上最佳球队仅仅一个射门得分。
Eli最后的数据也跟他之前的记录没有多少差别——超过3000码的传球，23次触地得分，297次传球成功，20次被抢断。然而很显然，一个四分卫带着巨大的进步进入了他的第三次季后赛。
在对阵Bucs的比赛里，Eli率领球队克服了不利的开局。他27次传球20次成功，其中包括两次触地得分。最重要的是，他在坦帕湾纷扰的防守下没有一次被抢断。他在第三节导演了一次改变比赛进程的进攻然后再第四节打出了一次令人惊叹的表演。他先佯装要传给Kevin Boss（在Shockey受伤缺席赛季时取而代之）吸引对手Ronde Barber离开防守位置，随后将球传给Toomer触地得分锁定胜局。在赛后，Coughlin拽住Eli，向他表示了祝贺。而同时，他也提醒Eli不能满足于仅仅这一场胜利。

Eli并没有满足，他在一周后对阵达拉斯Cowboys的比赛中表现更为出色。他在Giants需要他的时候打出了关键的表演，而他的对手Tony Romo却没有。Eli再一次打出了两个触地得分而没有被对手抢断。而决定比赛的正是橄榄球的基本——Cowboys放弃了让他们取得成功的要素而Giants则贯彻了他们的比赛计划。最后的比分是21-17，然后比赛直到最后一刻才分出胜负。
纽约令人惊叹的表现延续到了NFC冠军赛中，在一个寒冷的周日在绿湾挑战Packers。再一次，Eli打出了几乎完美无瑕的表演。更为令人印象深刻的是，在接球手漏掉了关键一球而射手Lawrence Tynes在第四节错失了两次锁定比赛射门机会的时候，他还保持着冷静。Giants在比赛中的各项表现都要胜过对手，而Eli则完美的阅读了绿湾的防守。当对手围攻Jacobs的时候，他找到了处于单防状态下的Burress和Toomer。而当Packers防守传球的时候，他又让Jacobs和Bradshaw去冲击对手的阵线。

即便是如此，当比赛以20-20战平而Packers赢得了加时赛的优先进攻权时，Giants的机会仍然不多。但是当Brett Farve被迫传球失误，Cory Webster捡起皮球的那一刻，命运开始垂青蓝衣军团。几次攻势之后，Tynes用一记47码的射门得分完成了自我救赎。Eli和他的队友们已经梁旭击败了三支超级碗的得主——而且都是在客场——赢得了分区冠军。

在短短一个月的时间里，Eli平息了一切外界的批评，抹去了队友犹豫的迟疑，让自己成为了一名拥有着技术，头脑和热情将球队升华到超级碗级别的四分卫。而他的下一个挑战，则是要终结新英格兰的完美赛季，为纽约再次赢得一次总冠军。

业内人士都在期待42届超级碗成为一场高比分的盛会，但是Giants还有其他的想法。他们在第一次攻势里消耗了大量的比赛时间，取得了3-0的领先。纽约也很高兴看到对手在拥有球权的时候，要花费很多的体力。半场结束时，比分是7-3.
尽管第一次被对手在季后赛抢断，Eli在上半场表现仍然不错。而且那个失误，也不完全是Eli的责任。他当时他将球手递手传给Steve Smith，但是皮球却从他的手指尖滑落，落入了新英格兰的防守球员手中。

而上半场Giants最显著的成功则是在前两节里持续对Tom Brady施压。纽约人强力冲击着新英格兰道德四分卫，决不让他在口在中得到轻松出球的机会。而持续的高压也在第四节得到了回报。
而第四节也成为Eli闪光的时刻。他率先导演了一次80码的攻势，最后由很少使用的接球手David Tyree完成了触地得分。而其中最耀眼的一击当属他送给Boss的那记45码的传球。

Brady随后以一次触地得分的攻击做出了回应，传出一记让Randy Ross得分的传球。而在比赛还有2分42秒结束的时候，Eli和Giants在距离本方底线17码的地方夺回了球权。他们已经用光了所有三次暂停。而这正是Eli在孩童时代就梦想的场景。

Eli在第一传就找到了Toomer，推进了11码。而Giants随后则出现了停滞，面临最重要的一次决定。在37码附近，球队需要不到一码的距离来完成第四传，Eli将球递给了Jacobs，而后者也完成了球队急需的一码。

从那一刻开始，比赛完全成了Eli的表演——尽管看上去并不是那么漂亮。在一次扣人心弦的第三传里，由于围绕他的口袋被对手撕破，他杀出一条血路然后将球传给了30码外被新英格兰人围攻的Tyree。Tyree则躲开了对手的防守奇迹般的接住了皮球。而在另一次关键的第三传中，Eli再一次杀出重围，这一次他把球传给了Smith完成了第一次触地。

而在下一次进攻中，Eli将球传到了对手禁区左侧的底角。在拜托了自己的防守球员之后，Burress抱着球夺下了制胜分。全国上下的Giants球迷开始疯狂庆祝，蓝衣军团锁定了第三个超级碗冠军。尽管Patriots还有一次球权，Eli却仅仅给对手留下了35秒。Brady回天乏术，纽约最终以17-14赢得了胜利。

赛后，MVP的评选毫无争议。在最关键的比赛中，Eli打出了他作为Giants最富灵感的比赛。在第四节，他发挥到了极致，送出了两记完美的达阵一传。
毋庸赘言，Eli在2007赛季取得了长足的进步。比赛对他而言也开始变得更为容易。他开始捕捉机会，躲避陷阱，愿意迎战对手的一切挑战。当他全神贯注不受伤病困扰的时候，他是联盟顶级四分卫之一。他也更进一步成为了一个总冠军级别的领袖。Eli再也不需要回应外界的批评，即便他也从未回击。沉默的自信和气质——那些曾经让球迷和媒体反感的品质——让他在确立自己家族地位的时候受益良多。

球员Eli
Eli拥有成为伟大四分卫所需要的一切。他身高6尺4寸，体重超过200磅，他几乎是他哥哥Peyton的克隆体。他在对手截捕前能够正确的阅读，而且拥有伟大的传球技术。他拥有强壮而精确的手臂，显示出像他父亲一样所有出色的运动力。Eli传球迅捷，而且在口袋中移动的时候仍然和以很好的控制传球。