近年，东京理科大学远藤次郎教授等，不断发现至今未知的田代三喜著作，如《酬医顿得》、《本方加减秘集》。研究结果认为，导入中国李朱医学之先驱田代三喜，曾投入精力进行中日医学比较研究，结合日*本医疗现状，搜集本国秘方，编著了具有特色的方书。
江户中后期，日*本汉方界掀起新浪潮，即古方派兴起。所谓古方派，指盛赞《伤寒论》，从中追求医学理想之流派。自明至清，兴起复古学风，出现过激学派，其代表者有方有执、喻嘉言、程应旄等。他们按照个人认识解析《伤寒论》，将《伤寒论》中与自己见解相同之内容，认定为张仲景原文。与自己观点相左部分，断定为王叔和或后人窜入内容而删除。中国学术风潮，对日*本古方派兴盛起到推波助澜的作用。提倡归依《伤寒论》之古方派占有极大优势，代表医家有名古屋玄医、后藤艮山、香川修庵、内藤希哲、山胁东洋、吉益东洞等。其中吉益东洞为具有特殊观点、最有鼓动力之医家，他提出“万病一毒”，主张“以毒攻毒”，否定阴阳五行学说，并按照自己的观点改编《伤寒论》，撰述所谓自家《伤寒论》，即《类聚方》。又编制自家本草书《药征》，成为最左翼之古方派。
日*本汉方界对《伤寒论》情有独钟，各流派对《伤寒论》鲜有微词。《伤寒论》大约于廉仓时代传入日*本，历经800余年，《伤寒论》早已不是古方派的专利，作为日*本汉方医学经典，其影响经久不衰。2007年日*本东洋学术出版社刊行了由冈田研吉等临床医师编著的《宋以前伤寒论考》，此书有别于各学派《伤寒论》研究方法，从《伤寒论》之外，网罗历代伤寒文献资料，条理各家传承，结合临床实践，探索《伤寒论》形成、变迁及发展。
古方派中出现对极端主义进行内省、重视处方之有效性的倾向，面对临床有意义之医学知识，不问学派门第，择其长为己用之活学活用流派。学界又将坚持此立场之学者称为折衷派，代表人物之一为和田东郭，其临床医技颇高。后又诞生探讨荷兰医学与汉方医学异同之学派，即汉兰折衷派，著名代表之一为华冈青洲。青洲开创草药麻醉剂，成功地实施世界最初乳癌摘除手术。自幕末至明治前期，活跃于医界之浅田宗伯亦属于折衷派一员、日*本汉方界之先锋，为汉方医学之续存与发展奋斗终生。临床诊疗业绩，至今仍辉煌璀璨于汉方界。

考证中国医学，分庭抗礼
日*本汉方界，除上述后世派、古方派、折衷派之外，最令笔者折服的，为形成于江户中期，成熟于江户后期的考证派。具有颇深儒学教养的医生，对于古来医家多以主观意识解释古典文献的现象加以批判，同时兴起医学考证派。江户中期，中国书籍以惊人的速度和数量流入日*本，他们及时利用中国考据学研究成果，在崇尚中国医学的情怀中，加上日*本学者缜密、专注的治学精神，其研究不论深度还是广度，都较同时期的中国有长足发展，医学考证成果，堪与中国学界分庭抗礼。此类研究需要有高度学问素养，其重镇集中于江户医学馆，形成以多纪元简、元坚父子为中心之学术团体。之后，伊泽兰轩、涩江抽斋、小岛宝素、森立之、山田业广等优秀学者辈出。直到幕末，此学派之研究成果达到了登峰造极阶段，研究中国医学古典的优秀著作相继问世。
医学界对考证学派抱有偏见，认为字词、文献研究，于临床无大裨益。其实，这是一个历史性的误解。多纪父子，森立之等学者，极其重视临床实践，而且亲自采摘药材，或栽培药草，可谓学透医学文献，用活医术方药。这些医生学问渊深，崇尚唐宋医学。地位显贵，鄙视明清医家。例如，受八代将军德川吉宗邀请，十数人清代医生先后赴日，居住长崎，行医于市井。江户幕府或派遣医官至长崎游学，或由医官提问，与清医笔谈。多纪元简读过苏州胡振问答记录后云，盖彼邦近代之弊习为然，振不考诸古今医书，漫为之答，亦何陋也。
十九世纪末清朝与日*本明治新政府建交后，东渡日*本的清政府官员及民间人士，开始注意到中国亡佚古籍在日*本传存情况，经有识之士访查收购，大量古籍及板木被携回中国并刊印流布，结束了中国书籍单向流入日*本的历史。其中功绩最著者当推宜都扬守敬。杨守敬开始关注日*本医学家著作，于明治17年（1884）将多纪父子三人等13种、69卷医著汇编成《聿修堂丛书》，在中国出版。首次系统地将日*本研究中国医籍成果介绍给中国学者，使中国学界为之震惊。清末著名文人李慈铭，于1889所4月13日阅读多纪元胤《难经疏证》后叹云：想见彼国医学之盛，在中朝所不及者矣。光绪七年（1881）归安凌德读日*本所刻《经效产宝》书后赞云：日*本邦人，于医家旧籍，考察最精。医家张山雷（1874~1934）读多纪元简《脉学辑要》后评云：其书采集颇精，持论平正，且有能纠正古今沿误者。如谓促脉非歇止，紧脉非转索，皆独具见解，洵非人云亦云者可比。
考证派最后一位、最优秀的医家森立之，一生著述甚丰，他的中国医学四大经曲“考注”系列著作，引起杨守敬重视，曾索求稿本欲于中国出版，而终未如愿。近年，笔者将森立之六部、山田业广四部、涩江抽斋、伊泽棠轩等稿本点校整理，由北京学苑出版社出版。至此，尘封两百年之巨著，始见天日；后继先辈之遗业，赏得夙愿。
现在日*本传统医学界，从思考方法及学术主张方面，大致可分为汉方、中医学、东洋医学三个流派，在理论研究方面各有偏重，而临床用药并无明显差别。这三兄弟虽然容貌稍异，而来自中国传统医学的遗传因子，使他们无法脱胎换骨。