北京时间8月25日0时，2006-07赛季欧洲冠军杯小组赛抽签仪式在摩纳哥格里马尔迪会议文化中心进行。结果，切尔西与巴塞罗那这对老冤家连续第三个赛季聚首。  
上赛季意甲冠军国际米兰与德甲豪门拜仁慕尼黑同组；而皇马则连续第二年与里昂分在同一小组。曼联和AC米兰的运气不错，这两支豪门的小组对手都不算太强。 参加抽签的球队包括16支直接进入小组赛的球队、16支通过预选赛入围的球队。按照欧足联的俱乐部积分系统，卫冕冠军巴塞罗那与积分前7名列为种子队，其他24支球队再分成3个档次。抽签时从每1档抽出1支球队组成1个小组，一共8个小组，前提是同联赛球队不同组。列为第一档次的队伍分别是巴塞罗那、AC米兰、皇马、国际米兰、利物浦、阿森纳、曼联和瓦伦西亚。拜仁、罗马、切尔西和里昂等队伍被列入第二档次球队；不来梅、本菲卡等是第三档次球队；而汉堡、加拉塔萨雷等则被列入第四档次球队。