2000年9月13日,第二次冲击(Second Impact)发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大冲击的异变,造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说,巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空,造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……世界人口急速减少,只剩下原来的一半。南极,成为了宁静的残亡地域。人类,并未象恐龙那样灭绝,但复兴的工作,却无比严峻。但对于造成第二次冲击的原因,却无人知晓。
2001年,碇真嗣诞生,并且,所有EVA的驾驶员亦在这一年出生。
2002年,碇源渡和冬月为了调查第二次冲击的起因前往南极。联合国正式发表公告,称2000年9月13日的世界规模的大灾害,是由于有大质量陨石,以光速百分之十几的速度,冲击南极大陆所引致,其破害性相当于40亿年前小行星与地球的撞击。然而,现实毕竟难以掩盖。在专家圈内,流传着一些保留下来的照片,在冲击造成的光影中,有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称,在冲击波浪的中心,有数对巨大的翅膀。因第二次冲击受到惊吓而陷入自闭状态的美里,被联合国保护。
2003年,联合国完成了对南极的调查,根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所,之后开始协助碇源渡。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞,而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时,E计划始动,零号机也开始建造了。
2004年,进行了EVA启动实验,在幼小的真嗣面前,发生了事故,真嗣的母亲唯在实验中消失,拯救计划失败。自从唯的事件以后,没多久,碇源渡决定转移实行《人类补完计划》(在这之前的他们,其目的只是实行E计划而已)。
2005年,美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识,之后加持和美里相识。没多久,加持和美里开始同居。在地下空洞的上方,第3新东京市开始建设。
2007年,美里和加持分手。
2008年,赤木博士完成了三贤人的基础理论。跟随着母亲尚子,律子加入研究所,成为主要执行人。
2009年,葛城美里加入研究所。
2010年,NERV的中枢电脑三贤人完成的当日,开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编,成为了新的秘密组织NERV。
2012年,在参拜母亲的陵墓时,真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和碇源渡见过一面。
2014年,第二个绫波丽转学进入第3新东京市第壹中学校内。
2015年,使徒袭来!从第二次冲击后经过了15年,人类总算能重新繁荣起来。EVA已有3台可以实际使用了,而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员,人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们,肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。
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人物篇
碇真嗣
Ikari Shinji
碇シンジ
配音:绪方惠美
年龄14岁,是EVA初号机的驾驶员,第三适格者(THIRD CHILDREN)。他是NERV司令碇源渡的独子,作为驾驶员,他与EVA初号机的同步值最高,在歼灭使徒的各次战役中的表现亦最为突出。他是一个性格相当温和而内向的少年,处事态度消极、遇事总是用"对不起"来逃避现实,成为明日香对其最为反感的原因。由于亲眼目睹了母亲在试验事故中被"消灭",再加上父亲的冷酷无情,给他带来了莫大的精神压力。在他从小开始,心里就有"已经被父亲抛弃了"、"我是个不被人需要的人"之类阴暗的想法。"究竟是从什么时候开始的?我似乎觉得,我的心灵和身体渐渐变得肢离破碎。每当有悲伤或痛苦的事情发生,我觉得这并不是自己,会以一种事不关己的方式来看,仿佛还有另外一个自己。没事的,我可以撑过去的。如果将心封闭在体内的更深处,这么一来,身体的痛、心灵的痛,就连恐怖,也会在毫无感觉的情况下过去吧。"真嗣在最初加入NERV时由于被父亲忽视,所以一直报着这样的想法。他平时显得相当的阴郁,而且因为他一直想把过去的记忆封锁起来,导致在他的潜意识中,还有着截然不同的另一个人格。他操纵的EVA初号机经常发生狂乱,与此不无关系。后来由于"活宝二人组"的带动及明日香的出现,变得比较开朗活泼一些。平时对做家事相当拿手,在他寄居于葛城美住处时,几乎都是靠他来操持家务。