第12集:砂砾的大地·下集
拉塞尔和弗莱彻以艾尔利克兄弟的名义进行贤者之石的研究。马戈瓦尔命令拉塞尔实行一种将红水精制成贤者之石的方法。但是他无论如何也做不到，被抓住关到了地牢里�

第13集:焰 VS 钢
为了递交国家炼金术师的调查报告，艾德和艾尔来到了军部东方司令部。艾德向穆斯唐大佐询问他在杰诺泰姆听到的关于马尔科医生的事，却碰了钉子。于是艾德心生一计，以关于马尔科的情报作赌注，向大佐提出了进行模拟战斗的提案…�

第14集:破坏的右手
马尔科医生是在过去的伊修巴尔内战中从军队逃走的原国家炼金术师。为了拜访这位贤者之石的研究者，艾德和艾尔来到了海杜村。艾德要求马尔柯把当初从军队带出的贤者之石的研究资料给他看…�

第15集:伊修巴尔大屠杀
被斯卡追到走投无路的艾德和艾尔在危急时刻得到了阿姆斯特朗的援救，带着马尔柯一起逃离了斯卡。得知斯卡是伊修巴尔人的马尔科开始讲述那场战争中发生的事……伊修巴尔内乱凄惨的真相�

第16集:失却的东西
为了修理被斯卡破坏的机械铠，艾德和艾尔向利森普尔出发。马尔科秘密交给他的纸条里写有贤者之石研究资料的藏身之处——中央图书馆第一分馆。艾德和艾尔向着这好不容易得到的线索，再次出发�

第18集:马尔科手记
艾德和艾尔再次来到中央，寻找马尔柯留下的贤者之石研究材料。但是资料的保存场所中央图书馆第一分馆已遭火灾。根据目击者的证词推测，犯人很可能是斯卡�

第19集:真相中的真相
艾尔利克兄弟不断寻求贤者之石，为了取回失去的一切。可那却是把活生生的人作为牺牲才能得到的。艾德被这一事实所打击，决心探求马尔科字条中的“真相中的真相”这句话的含义�

第20集:守护者的灵魂

德和艾尔知道了贤者之石的研究场所是第五研究所。本该是废墟的这个地方，隐藏着无数陷阱。并且有两个黑影袭向艾德和艾尔——死刑犯48号和66号�

第21集:红色光芒
艾德和48号在第五研究所中展开死斗。围绕着贤者之石的情报，紧张的攻防在继续。另一方面在研究所院子里，艾尔和66号也展开了战斗…�

第22集:被造出的人
艾德来到了第五研究所深处。这里曾进行过以炼金术军用化为前提的大规模生物炼成的研究。研究所内存放着大量未完成的贤者之石和巨大的炼成阵。塔克提案让艾德使用这些材料完成贤者之石�

第23集:钢铁之心
朦胧中在医院醒来的艾德满身疮痍。艾德也被严重损坏，放在病房的一角。离贤者之石只差一步，但没能迈出这一步的事实折磨着艾德的心�

第24集:回忆的固定

艾尔怀疑自己的记忆和灵魂都是伪造的，从艾德的面前逃走了。呆立街角的他遇到了伊修巴尔的少年兄弟利欧和利克。艾德在两人的带领下来到了伊修巴尔人隐居的地方，在那遇到了一个预想不到的人�

第25集:别离的仪式
艾德和艾尔开始考虑不让大家处于危险中的复原方法。为了探求这种可能性，两个人决定去达布利斯见他们的师父。温莉发现途中会路过机械铠的圣地拉修巴利，于是和他们同行。另一方面，继续调查第五研究所和贤者之石的休斯发现了一个事实。但是就在这时…�

第26集:她的理由
艾德、艾尔和温莉来到了机械铠生产的圣地拉修巴利。在街上遍布的机械铠工房前，温莉喜不自禁。在拉修巴利出名的机械铠掰手腕大会上，三个人见到了右手和双腿都是机械铠的女孩子帕尼娜�

第27集:师父
艾德和艾尔在拉修巴利被他们最怕的人，他们炼金术的师父泉美逮了个正着。得知艾德成了军队走狗国家炼金术师的泉美，满心怒气地把他们带到了达布利斯。另一方面，东方司令部的穆斯唐正式接到了回中央的命令�