第28集:一即是全 全即是一

德和艾尔被泉美带到了考洛伊湖中的孤岛尤克岛上。那里也是他们小时候曾经修行过的地方。岛上还留有当时的一些痕迹，两个人一边回忆一边对自己作了一番重新认识�

第29集:无垢的孩子
艾德和艾尔在尤克岛上想起了过去的事，对自己所做的事感到悔过的同时，他们决心还是要继续向前走。正在这时，本该无人的森林中出现了一个会使炼金术的神秘少年�

第30集:南方司令部袭击
泉美从尤克岛上带回来的少年，他的肩上有一个旧伤，非常像艾德小时候受过的一个伤。在艾德的诘问下少年逃走了。另一方面，修斯的后任弗兰克·阿切尔中佐和阿姆斯特朗少佐一起为搜索艾德他们，来到了达布利斯�

第32集:深林中的但丁
拥有艾德失掉的右臂和左腿的少年叫做拉斯。他是泉美人体炼成失败所生出的人造人。拉斯渴望成为人，并且为了得到其余部分的身体，向艾德袭来�

第33集:被囚禁的艾尔
　在但丁的公馆，艾尔被格利德率领的合成兽军团袭击并带走。被囚禁在他们的大本营——郊外的酒吧Devil's Nest的艾尔，在那里被格利德问及关于永远生命的秘密�

第34集:强欲的理论
在Devil's Nest开始了歼灭不稳分子的作战。格利德一派的合成兽相继被阿切尔的士兵射杀，格利德自己也因为金布利和塔克的背叛，再加上拉斯特和格拉特尼的袭击落荒而逃�

第35集:愚者的再会
拉斯特偶然遇到了过去的相识勒乔。2年前勒乔曾为了对抗故乡流行的奇病——化石病，和她一起进行过炼金术的研究�

第36集:我心中的罪人
据说过去在伊修巴尔曾有人制造过贤者之石。在南部边境，艾德和艾尔接触了军队护送中的伊修巴尔人，得知有一位老人知道关于贤者之石的事情。于是艾德、艾尔和温莉向老人居住的奇修尔前进�

第37集:焰之炼金术师/战斗吧少尉先生/第十三仓库的怪物
哈伯克少尉受军队内务课的命令监查穆斯唐大佐。他和布莱达、法尔曼以及费里一起开始秘密地记载《罗伊·穆斯唐观察日记》。由此许许多多不为人所知的穆斯唐大佐的日常生活状态会是什么样呢！�

第38集:随川而流
向着伊修巴尔前进的途中，艾德和艾尔围绕是应该先阻止斯卡，还是应该先取回自己的身体发生了分歧。另一方面独自调查修斯事件的西斯卡发现了一个传说�

第39集:东方内战
行途中，玛蒂尔向艾德和艾尔讲述了自己过去在军队特殊部队时的事。由此揭露了伊修巴尔内战爆发的真相。与此同时，为了镇压反抗势力，阿切尔率军到达了里奥尔�

第40集:伤痕
金布利出卖了格利德和同伴，叛逃回到军队。怀有如此深仇大恨的玛蒂尔见到金布利，不顾艾尔的制止一气冲向了他。另一方面在里奥尔，艾德终于面对斯卡�

第41集:圣母
里奥尔失去了指导者继续陷入混乱。军部欲趁机进行军事占领。终于将镇压部队开入了市区。而斯卡则利用里奥尔内乱，准备完成贤者之石�

第42集:不知其名
寻求贤者之石的人必将灭亡。如今这样一个新的传说，以里奥尔整个城市为牺牲，被创造了出来。受大总统特命，金布利率合成兽部队入侵里奥尔市区。但在他面前出现的，是心怀复仇怒火的斯卡�