到最后，原来议长就是蓝波斯菊的幕后首领，他才是发动战争的罪魁祸首。而穆并没有死，在雅金多维战役中重伤，后来被蓝波斯菊洗脑后利用，成为舰长。但是在最后，在于玛琉的碰面后，重拾记忆，脱离蓝波斯菊，回到大天使号。而真和基拉的关系也在一次又一次的战斗中有所缓解，真也明白了到底为什么而战。在密涅瓦号和大天使号的共同努力下，蓝波斯菊的阴谋终于被接露，但卑鄙的议长早做了准备，他秘密集合PLANT和地球的科学技术，把ZAFT军与地球军在历次战斗中出现的高达的性能集合，制造出十部高达，再根据impulse 红外线对接性能，十架高达能组合在一起。他们企图毁灭世界，背水一战的大天使号前去攻击。尽管freedom和savior联手，却仍然不是对手，大天使号也受重创。正在千钧一发之际，密涅瓦号带领ZAFT军，穆带领地球军及时赶到。同时，基拉和阿斯兰也想出妙招，他们利用freedom和savior的机动性，砍断红外线连接器。于是十部高达就出现了，接下来就是高达的混战————小伊，小蒂，穆等纷纷出战。战况十分惨烈，死伤严重，霍克，雷还有老虎战死。当然依靠基兰鸟，蓝波斯菊最终被干掉