几个小问题求高手指点

《黑客帝国》三部曲已经看了不下三遍了，看得次数越多思考的东西越多，同时问题也越多。 这里只是几个细节上的问题，还希望热心者帮忙解决，先谢过啦！
前三个问题都是跟飞船（战舰）的功能有关的：
1、飞船的飞行运用的是什么原理？我猜想是依靠电力击穿空气使飞船上方空气压强变小制造浮力的。
2、是不是要连线进入矩阵只能在飞船内进行？在锡安里不可以吗（没有必要的设备吗）？还有连线前飞船得接近机器城吗？
3、为什么只有飞船里有可以打倒乌贼的电磁波而锡安里却没有？
4、在对尼奥进行功夫训练时墨菲斯说的“你以为你现在呼吸的是空气吗（You think that's air you are breathing now?）”是什么意思？刚开始墨菲斯打倒尼奥的秘诀是什么？
5、蓝色药丸和红色药丸的作用分别是什么？没记错的话红色药丸是追踪尼奥的身体用的，那么让尼奥的精神从矩阵里脱离出来之后墨菲斯等人是如何进入机器城接回尼奥（的身体）的？从第三部可以看出他们是很难接近机器城的才对。