恩佑寺坐北朝南，在中轴线上依次分布着山门殿、天王殿、大雄宝殿、圆通殿和多宝殿。东西两侧除钟楼和鼓楼外，还有整齐的配殿。寺庙的西北隅是戒坛殿和汉白玉砌成的戒坛。整个寺院布局严谨，整齐对称，寺中有院，错落有序，曲径通幽，庄严寂静。
京中人员均可在此求签问佛，求得神灵蔽佑。