比起后来剧场版的大场面开头，这部剧场版的开头反而不那么惊艳，讲的是柯南日有所思夜有所梦，突然就梦到琴酒识破自己身份闯过来了。
虽然棍子哥压根不记得工藤新一这人，但是柯南此时依然对于琴酒提心吊胆，直接吓醒了。于是乎，在每年一棍的经典开场后，就是少侦和博士抓甲斗的同时，抓到了背上有胶带的甲斗一只。

博士的冷笑话谜语时间一结束，便是一个叫龙崎努的小哥在箱根山飙车。众所周知，柯学定律，凡交通工具必……
于是乎，刹车油被放光的小哥连人带车上了西天，不忘留下米花特产暗号——七夕，京……

随后，小五郎带着柯兰来警视厅开会，这次的会议可谓是群星璀璨共襄盛举。不仅是众多的老面孔，连刚出场不久的大和敢助都幸运拿到了体验卡。开会之前的大家却在不经意间聊到了柯南，老柯在警察界的名声可谓天下谁人不识君。
会议开始后，白鸟开始介绍案件情况，这一次的犯人一口气就送走了6人，还把被害人身上的东西偷走，并留下画竖线和字母的麻将牌作为纪念。毛利小五郎当即施展传统艺能，直接断定作案动机是因为打麻将，结果被当场怼得说不出话。

会议结束后，一直犯傻的山村警官却唱起了七只乌鸦，触动柯南关键词。一听人家是听到了手机按键声，老柯当机立断拿出杀手锏尿遁，成功看到琴酒保时捷一枚。吓傻了的柯南当天晚上就告诉博士自己要查案，与此同时，按捺不住好奇心的小黑开始调查柯南的档案。懂不懂一个7岁的小学生能在警视厅留下这么多记录的含金量啊！然而柯南查了半天却一无所获，只好在手工课上仰望星空。

而事实证明，毛利大叔的推理扑了个空，所有被害人豆不打麻将。高木警官则顺便把工藤新一在危命篇的事说了出来。此时御用NPC大和敢助接到由衣的通告，疑似嫌疑人在米花出现了。大伙立马赶到对应地点，正好撞见了放学的柯南。好奇宝宝一跟过去，就撞见了警察智力下限的山村操作死了。小反派当即劫持了一个妹子做人质，柯南于是用着此时还没那么柯学的足球，拿下了犯人。但是目暮警官却不小心被犯人的刀刺伤。随后，柯南追上了突然消失的人质妹纸，用细节拆穿了自己干妈——不对！贝尔摩德的身份。贝姐也不瞒着，告诉柯南组织又出了一个不安分的，随身携带了组织派出的卧底名单记忆卡。但是在除掉那个人之前，那个人就被送上西天了，还被拿走了记忆卡。于是为了不泄密，酒厂派出了得力干部，代号爱尔兰混入警察内部，计划夺回记忆卡。随后，贝姐祝柯南好运后就跑路了。至于那个NPC，右手有伤不能挥刀，明显不是犯人。

就在这时，又有个谜语人画家打电话过来，说自己知道这一系列事件的犯人。目暮警官派出高佐二人前往现场，琴酒也接到了爱尔兰的消息，派出卧龙凤雏狙爆二人的警车轮胎拖延时间。但是琴酒到达的时候，人已经蒸发了。离开的时候，琴酒不慎踩到了地上的颜料。随后警方也扑了个空。当天晚上，一边是柯南继续说服灰原哀让自己查案，另一边好奇心爆棚的小黑偷走了柯南做的手工和工藤新一戴过的头盔，比对指纹，成功符合。 第二天，就传来了消息：画家遇害了。而柯南先是看到自己的手工被弄坏，又是接到黑衣骑士头盔被动过的消息，顿时是如坐针毡。佐藤警官则根据爆胎现场情况，开始怀疑有人在狙击。回想起现场的颜料被踩过两次，警视厅智力天花板的心如海浪般狂乱了。正当柯南心急如焚之际，旅游海报送来线索。柯南于是想到“七夕 京”这个暗号可能是七夕的京都。

于是乎，柯南人脉大手发动。让好基友服部平次翘课出去，调查两年前一起发生在京都酒店的火灾。结果这一查好巧不巧，当时住在这里的7位客人正好就是案件的被害人。平次还发现这里的电梯限载7人。柯南当即立动，不知道为啥，查了个案件资料就摸到了火灾遇难者菜菜子男朋友水谷浩介家，还标榜自己是自己监护人毛利大叔的助手。虽然水谷人不在，但是柯南成功从邻居那里要到了菜菜子哥哥的名片。找到人后，柯南从哥哥本上和树那里得知菜菜子之前的忌日都会有人来送花，7个人全都送了。而水谷说不可原谅的人有八个，还剩一个。

恰好警视厅同时也查到了这一点，平次直接告诉大伙，麻将牌的竖线指的是电梯。至于毛利小五郎，他自顾自地把几个作案现场看成了水怪图案，还打算和山村一起去实地探访。警方随后就去了本上家，一听到水谷那句话就把嫌疑集中在了此时已经在仰望星空的水谷身上。而一个下午的时间，柯南就离谱地把破案进度条推了大半。只不过他也卡在了作案地点上，然而此时一对闺蜜关于用水勺的对话，让他彻底灵光一闪。至于少年侦探团，这几个人又抓到了带胶带的甲斗，高高兴兴跑去米花森林救人去了。随后，柯南开启哆啦哀梦模式，告诉现场对应的是北斗七星。至于剩下的那个北极星，一查，好巧不巧，就在芝公园。

随后柯南打了那个邻居的电话，知道了这对情侣的爱好是观星。本次剧场版头号受害者，东京塔，就此出现。此时的水谷已经在瞭望台上进行物理得仰望星空。迟迟破解不了作案地点含义的警方依然在垂头丧气，和山村悠闲看星星的小五郎却突然懂了，原来如此！案发现场对应北斗七星！警方也锁定了芝公园。
然而在前往现场的路上，高佐二人却接到了阿笠博士的电话，原来帝丹三傻歪打正着真的发现了疑似绑架现场，两人当机立断调转方向。其他人到了地点后，果然打听到水谷进了东京塔。然而正在上楼的时候，小黑却把所有警察打晕了。

此时的柯南也见到了水谷，水谷没有抵抗，只是还在埋怨自己，并打算自刎归天。柯南也不装了，真正的凶手呼之欲出，就是本上和树没错。为什么？因为情商高的老柯破解了北斗七星的暗号后，就一直琢磨水谷为什么要玷污自己和女朋友喜欢的星星。而犯人的做法明显一板一眼，不像水谷能把门口的牌子都放歪，反而是哥哥自己的笔记都弄得整整齐齐。于是乎，柯南就这么锁定了犯人。而老哥自己是从新堂堇的画展上听到了火灾的真相，菜菜子自己让出了电梯位置。奈何老哥自己魔怔程度堪比神崎士郎，对水谷说了假话，告诉他菜菜子被推下了电梯。见水谷不愿意报仇，才自己动手，还打算让水谷拿着被害人的遗失物品自刎归天让自己逍遥法外。你可真是个东西啊！哥们你把你妹妹的牺牲当成什么了？

随后在柯南的话疗下，水谷表示，哥，我不自刎归天了，自首吧。这个逆天老哥当场破防，因为以他的kda来说已经是亡命之徒了。就在老哥打算灭口的时候，松本管理官赶到，阻止了老哥。却被柯南用麻醉枪瞄准。哪知道这个家伙有点本事，避开了麻醉枪之后，又制服了犯人。柯南瞬间懂了，爱尔兰！来辣！与此同时，高佐二人还真的找到了管理官本体，贝姐把爱尔兰暴露的消息传给了琴酒。

至于柯南怎么看穿爱尔兰的呢？既然酒厂没有派自己干妈来冒充警察，那就说明冒充对象和贝姐体型差距太大了。爱尔兰也识破了柯南的身份，打算把柯南带去酒厂，好为自己干爹——杯户饭店传奇耐烧王报仇。此时得兰因为从园子看到柯南去了东京塔也来到了现场，看见了趴在塔里的警官们，瞬间感觉不妙。随后她也识破了假松本，奈何全力迎击不成，因为怕鬼弱点被打趴。紧接着爱尔兰现出真身，废掉了柯南的足球腰带，把他逼到更高的地方。柯南略施一计，抢走了爱尔兰的手枪。但是爱尔兰随后又抢了回来，好巧不巧，酒厂终于出现了。琴酒开着直升机过来辣，前脚说要看记忆卡，后脚直接痛击友军。此时雨夜中的东京塔已经被警察团团包围，爱尔兰逃不掉了，于是琴酒宁可把友军和记忆卡一并销毁，也不想给爱尔兰放个梯子。谁知道，琴酒居然发现还有一个人，但是愣是看不清楚柯南的样子。

本次剧场版的高潮出现，无论是柯南、警察还是没见过世面的园子大小姐，这个时候都已经被吓傻了。安室透的恋人流下了巨大的眼泪，酒厂彻底不当人了！柯南迫不得已，只好继续往上爬。在这个时代，赤井秀一之类的主线人物在剧场版还属于掉线状态，柯南只能有苦说不出，被动挨打。危机时刻，柯南想出了一个点子。他把博士的伸缩背带一绑，探照灯一拿，直接跳下去扔出探照灯。随后，还没看清楚柯南样子的琴酒，当场报废了一架直升机。

最终，警方赶到东京塔，案件完全结束。然而警察最后也没找到直升机里的遗体，可以想象一下琴酒跳伞的滑稽场面。查出爱尔兰的真实身份，柯南还是下定决心打算和酒厂死磕到底，这部一波三折的剧场版总算结束了。