“双优”与“双一流”，并非当年985、211那样包含兼容的层级关系，二者定位相互区分，是未来我国研究型大学、应用型大学实行分类管理、分类考核、分类发展的制度基础。
按照制度设计，不会出现同一高校既有双一流学科、又有双优学科的交叉并存情况。
这一定界，并不等同于办学行为的完全割裂：研究型大学同样可以开展应用型研究、培养应用型人才；应用型大学也能够开展基础学术研究，少量培育学术型研究人才，二者办学功能允许交叉，但是评价体系、建设赛道彼此独立。
双一流以世界一流学科一流大学，以基础研究和高端应用研究和人才培养，制定考核办法，投入办学经费，建立顶尖学术博士点、硕士点、学科群。
而双优和以应用型为目标高校，以培养应用型人才为主，建立应用型也就是专业型硕士学位点为主，不设和少设学术博士点，按应用型标准考核投入办学经费。