2004年李辉团队曾做过长汀客家148例和全国畲族11例等的父系基因，畲族样品数量相对较少。截止2026年8月15日，23魔方有客家祖地—长汀汉族95人、全国畲族158人，畲族样本数量相对丰富而客家样本比较少。我们另再选择23魔方中世界客都—梅州汉族1769人作为客家样本。我们来看一下全国畲族、长汀客家和梅州客家基因比较和分析的状况。
全国畲族158人中，汉族主要基因O-M122(原O3，排除M7) 79人占比50%，苗瑶畲特色基因O-M7 仅16人占比10%，东越特色基因O-M119(原 O1) 26人占比16%，南越-壮侗特色基因O-M268(原O2) 19人占比12%，C系9人占6%，另外D系、K系、N系各3人合占6%。可以看出，畲族和汉族有50%以上的共祖成份。可能主要在于上古时期三苗和华夏分离之前本就同宗共祖，其次因为中古时期汉人为逃税和求生逃亡到畲人中，以及现代恢复畲族民族成份时的扩大化。另外，畲族中百越成份合计28%，而偏东越(16%)(畲族传说先祖来自南京)。
长汀(客家)汉族95人中，汉族主要基因O-M122(原O3，但排除M7) 54人占比57%，苗瑶畲特色基因O-M7为 0人占比0%，东越特色基因O-M119(原 O1) 12人占比 13%，南越壮侗特色基因O-M268(原O2) 19人占比 20%，C系4人占4%，另外D系1人、K系2人、N系3人合占6%。可以看出，长汀(客家)汉族无苗瑶畲特色基因O-M7，这可能因为长汀处于交通要道而长期为汉族控制，畲族则主要居住深山。另外，长汀(客家)汉族中的百越成份合计33%，而偏南越壮侗(20%)。
梅州(客家)汉族1769中，汉族主要基因O-M122(原O3，但排除M7) 1011人占比57%，苗瑶畲特色基因O-M7为 42人占比2%，东越特色基因O-M119(原 O1) 317人占比 18%，南越壮侗特色基因O-M268(原O2) 233人占比 13%，C系71人占4%，另外D系15人、 G系1人、K系21人、N系58人合85人占5%。可以看出，梅州(客家)汉族中含有苗瑶畲特色父系基因为畲族的1/3左右，与畲族一定融合。另外，梅州(客家)汉族的百越成份合计31%，地在南越而基因偏东越(18%)而类似畲族，可能也是受畲族影响(畲族传说先祖来自南京)。
综合来看，畲族是汉民族的兄弟民族，有50%以上的父系共祖，其苗瑶畲特因基因O-M7仅占10％。世界客都—梅州的客家汉族和畲族有一定程度的融合，而客家祖地—长汀的客家汉族几乎没有畲族成份。
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