總司令下為參謀長、軍政事務會議、參事廳、政務局、政治部、兵站總監部，各軍司令部，各要塞司令部，兵工廠、製彈廠、參謀處、副官處、秘書處、軍務處、訓練處、海軍處、航空處、軍需處、軍械處、交通處、軍醫處、軍法處、審計處、徵募處。
革命軍總司令蔣中正；參謀長李濟琛；副參謀白崇禧；參事廳總參議鈕永建將作賓、參事喻毓西、羅質、趙超、馮寶森、姚觀順等七人；政務局局長陳公博、政治部長鄧演達；兵站總監部長俞飛鵬、兵站副監彭鼐歟；各軍司令（由第一軍至第八軍各軍長照舊）；各要塞司令（照舊）；兵工廠製彈廠（兩廠長照舊）；參謀處長張靜藩；副官處長張治中；秘書處長馬文車；軍務處長張國元；訓練處長嚴重；海軍處長林振雄；副處長馮肇銘；航空處長林偉成；軍需處長朱芾；軍械處長文素松；交通處長陸福廷；副處長姚觀順；軍醫處長褚民誼或郭琦元；軍法處長與審計處長尚未定人；徵募處長邱鴻鈞。
總司令之下，最重要者為軍事政務會議。軍事政務會議之下產生兩機關：一為參事廳、設主任一人、參事若干人，主任下分設文書、庶務、總務各課，凡不關各部處事項均屬之；一為政務局、管理總司令及軍事政務會議之一切政務，設局長一人，其下分設兩課。軍事政務會議係由總司令遇有重大軍政事時，提出該會議議決，交各部處執行。會議時，以參謀長為主席、總參議為副主席，高等顧問有發言及表決權，參事有發言權而無表決權。遇軍事要件，各軍軍長須列席，遇民政要件，各廳部長須列席，以備諮詢，各處長亦得列席，但無表決權。總部內又有法規編審委員會、係由顧問參事各處處長及臨時指定之人員組织之，開會時以參謀長或總參議為主席，會議性質，係編查一切法規事宜。此外十四處之中，參謀副官、海軍、軍械、交通等五處，則有正副兩處長，而秘書、軍務、訓練、航空、軍需、軍醫、軍法、審計、徵募等九處，則祇設處長，而不設副處長。至於總司令參謀長參議各軍軍長，則為上將階級；要塞司令參謀處暨總兵站監為中將階級；兵站監之下，設少將參謀長一員；其餘各處長及參事等，則為少將階級。近日總部內各機關成立者，已有數處，開始辦公：一為海軍處，海軍處係從前之海軍局改組，其內容如下：少將處長林振雄，（），現任長洲要塞司令，上校副處長馮肇銘。海軍處之下，設海軍教練所、艦隊處，內部分設軍事、訓練、總務三科，每科設科長一人；軍事科分設訓育、航海作戰、造船、兵器四股；訓育科內分訓育、輪機兩股；總務科內分軍需、文書、人事三股。