《清代三姓副都统衙门档案》共483卷，形成时间为清乾隆元年至宣统元年（1736-1909年），横跨170余年。

辽宁省档案馆藏《清代三姓副都统衙门档案》共483卷2万余件。该档案是清代三姓副都统衙门与吉林将军衙门等上级、同级衙署往来行文的抄录档，档案形成时间为清乾隆元年至宣统元年（1736-1909年），横跨170余年。这批档案系统记录了三姓地区民族交往交流交融、边境经贸往来、移民开垦、人口变迁等核心史实，是研究清代东北边疆发展的一手史料。据悉，三姓副都统衙门存续期间形成的档案绝大部分珍藏于辽宁省档案馆。