底层逻辑是因果报应，也就是new·三国的天意机制，多行不义必自毙会被hand·of·世界意志修正，所以与其创造因果不如成为因果，善恶之辩实际并不玄奥

第三部的藤木户最终找到了属于他的答案

顺带一提第三部的最终boss就如你所说的想要终结末法之世，做他认为的对世界有善的事；然而藤木户是这么对他说的：
「……人类尝过的，彼岸的酸辛吗」正在茶道呼吸的死神开口说道。「当然彻头彻尾地不了解，也没兴趣了解，但是侬了解汝的行径，忍者哟」

柴：think！我要防治忍者，你要杀忍者，我们都要减少忍者的数量，为什么不乖乖让路，think！
tmh：忍者...杀无赦...

无需判断，一并杀了即可