京都的秋意染遍红叶之时，一场名为「百人一首·红叶歌会」的古歌牌大赛即将在大冈家族的别邸举办。歌牌界的女王大冈红叶，正为重现失传的《红叶恋歌集》而筹备这场赛事——这部歌集里藏着一段百年前贵族与武士的禁断恋歌，传闻歌中还记录着大冈家族秘藏的宝藏线索。
就在红叶为歌会书写序歌时，别邸内突然发生命案：负责复刻歌牌的匠人离奇死于密室，手中紧握着一张写有禁断恋歌的歌牌，现场还留下了被篡改的百人一首诗句。更诡异的是，所有与《红叶恋歌集》相关的人员，都接连收到了带有红叶纹样的死亡预告信。
红叶的贴身管家伊织无我，察觉到这起案件的目标根本不是匠人，而是红叶本人。为了保护她，伊织不得不重新拾起公安时期的身手，一边暗中调查，一边替红叶挡下来自暗处的威胁。而柯南和平次也被卷入事件，发现所有线索都指向百年前那段被家族掩盖的恋情，以及伊织不为人知的过去。
随着调查深入，真相逐渐浮出水面：当年的武士与贵族少女正是伊织与红叶的先祖，他们的恋情被家族禁止，只能将爱意藏进歌牌，而如今的凶手，正是想借着歌会解开宝藏的同时，毁掉这段不被承认的过往。当凶手挟持红叶，逼迫她亲手烧掉《红叶恋歌集》时，伊织终于不再隐藏，以管家的身份亮出公安的身手，柯南和平次也联手破解了歌牌里的暗号，救下了红叶。
就在红叶为歌会书写序歌时，别邸内突然发生命案：负责复刻歌牌的匠人离奇死于密室，手中紧握着一张写有禁断恋歌的歌牌，现场还留下了被篡改的百人一首诗句。更诡异的是，所有与《红叶恋歌集》相关的人员，都接连收到了带有红叶纹样的死亡预告信。
红叶的贴身管家伊织无我，察觉到这起案件的目标根本不是匠人，而是红叶本人。为了保护她，伊织不得不重新拾起公安时期的身手，一边暗中调查，一边替红叶挡下来自暗处的威胁。而柯南和平次也被卷入事件，发现所有线索都指向百年前那段被家族掩盖的恋情，以及伊织不为人知的过去。
随着调查深入，真相逐渐浮出水面：当年的武士与贵族少女正是伊织与红叶的先祖，他们的恋情被家族禁止，只能将爱意藏进歌牌，而如今的凶手，正是想借着歌会解开宝藏的同时，毁掉这段不被承认的过往。当凶手挟持红叶，逼迫她亲手烧掉《红叶恋歌集》时，伊织终于不再隐藏，以管家的身份亮出公安的身手，柯南和平次也联手破解了歌牌里的暗号，救下了红叶。
