感谢楼主费工夫整理！不过，我这里提点小小的建议，既然整理就写完整的大学名称吧，简称嘛不那么直观，比如“山东大学”你写个“山东”、“兰州大学”你简化为“兰州”、……也不太符合大家的习惯。

接受6楼建议
仍有重大遗漏
第一等，当是“珠峰计划”16校
北京大学，清华大学，北京师范大学
南开大学
复旦大学，上海交通大学
中国科学技术大学
南京大学
浙江大学
山东大学
西安交通大学
吉林大学
四川大学
武汉大学
中山大学
兰州大学

以此为准---珠峰，985，设研究生院，211，最清楚
2011年ESI显示中国大lu大学进入全球前1%学科数）
说明
1，ESI(Essential Science Indicators)，美国科技信息所(ISI)2001年推出的文献评价分析指标
2，大学校名后，数字为2011年ESI显示该大学进入全球前1%学科数；*表明该大学进入珠峰计划
院校名称               类别 院校隶属           所在地      985      211   研究生院
北京大学 15 *          综合 教育部             北京         √      √       √
浙江大学 13 *          综合 教育部             浙江         √      √       √
复旦大学 11 *          综合 教育部             上海         √      √       √
上海交通大学 11 *      综合 教育部             上海         √      √       √
清华大学 9 *           工科 教育部             北京         √      √       √
中山大学 9 *           综合 教育部             广东         √      √       √
南京大学 8 *           综合 教育部             江苏         √      √       √
中国科技大学8 *        工科 中国科学院         安徽         √      √       √


华中科技大学 7         工科 教育部             湖北         √      √       √
武汉大学 7 *           综合 教育部             四川         √      √       √
西安交通大学 7 *       综合 教育部             陕西         √      √       √
兰州大学 7 *           综合 教育部             甘肃         √      √       √
北京师范大学 6 *       师范 教育部             北京         √      √       √
四川大学 6 *           综合 教育部             山东         √      √       √
山东大学 5 *           综合 教育部             天津         √      √       √
南开大学 5 *           综合 教育部             吉林         √      √       √
吉林大学 5 *           综合 教育部             湖北         √      √       √
东南大学 5             综合 教育部             江苏         √      √       √


大连理工大学 5         工科 教育部             辽宁         √      √       √
中国人民大学           综合 教育部             北京         √      √       √
华东师范大学 4         师范 教育部             上海         √      √       √
哈尔滨工业大学 4       工科 工信部             黑龙江       √      √       √
同济大学 4             工科 教育部             上海         √      √       √
华南理工大学 4         工科 教育部             广东         √      √       √
湖南大学 4             综合 教育部             湖南         √      √       √
中南大学 4             综合 教育部             湖南         √      √       √
厦门大学 3 *           综合 教育部             福建         √      √       √
北京理工大学 3         工科 工信部             北京         √      √       √


天津大学 3             工科 教育部             天津         √      √       √
中国农业大学 3         农业 教育部             北京         √      √       √
中国海洋大学 3         综合 教育部             山东         √      √
重庆大学 2             综合 教育部             重庆         √      √       √
北京航空航天大学 2     工科 工信部             北京         √      √       √
西北工业大学 2         工科 工信部             陕西         √      √       √
东北大学 2             工科 教育部             辽宁         √      √       √
电子科技大学 1         工科 教育部             四川         √      √       √
东北大学秦皇岛分校     工科 教育部             河北         √      √       √
西北农林科技大学       农业 教育部             陕西         √      √       √


上海交通大学医学院     医药 教育部             上海         √      √       √
国防科学技术大学       军事 中国人民解放军     湖南         √      √       √
北京大学医学部         医药 教育部             北京         √      √       √
中央民族大学          民族 国家民族事务委    北京           √      √
北京交通大学           工科 教育部             北京                 √
北京科技大学           工科 教育部             北京                 √
北京邮电大学           工科 教育部             北京                 √
哈尔滨工程大学         工科 工信部             黑龙江               √
华东理工大学           工科 教育部             上海                 √
南京航空航天大学       工科 工信部             江苏                 √
南京理工大学           工科 工信部             江苏                 √
中国矿业大学           工科 教育部             江苏                 √


河海大学               工科 教育部             江苏                 √
西南交通大学           工科 教育部             四川                 √
西安电子科技大学       工科 教育部             陕西                 √
中国石油大学(华东)    工科 教育部             山东                  √
中国地质大学(武汉)    工科 教育部             湖北                  √
中国矿业大学(北京)     工科 教育部             北京                 √
中国石油大学(北京)    工科 教育部             北京                  √
中国地质大学(北京)    工科 教育部             北京                  √
东北师范大学           师范 教育部             吉林                 √
南京农业大学          农业 教育部             江苏                  √
北京林业大学          林业 教育部             北京                  √
第二军医大学          军事 解放军总政治部    上海                   √
第四军医大学          军事 解放军总政治部 陕西                      √

上面2-5楼作废。请吧主删哈？对不起！
总算寻着了----教育部批哈的56家设研究生院院校名单
http://www.chinadegrees.cn/xwyyjsjyxx/xwbl/zdjs/yjsy/

    我也凑凑热闹，提供点信息。
   武书连最新的大学排行榜——2011年中国大学排行榜，仅供参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b2cb00e0100qc5e.html?tj=1

60所“国家建设高水平大学公派研究生项目签约院校”
http://csc.edu.cn/Zhuanti/11a589bf0f644939945c35ba1dbbf0ae.shtml

上面说的整哈，各位看，是不是这层次
珠峰       16
工信部      7
弯弯       41
研究生院   56
公派研究生 60
部属       72
211

回16楼
武排行榜可参考。偶毛病是，重规模，轻精度尤其轻王牌

优势学科创新平台
http://www.cdgdc.edu.cn/webrms/Search/Result.jsp