明代兵制与前代不同，一是参酌历代兵制的利弊加以变通，建立了卫所制。根据地理位置、险要程度与设防需要，置卫或所。卫所均有固定防区，筑城置堡，大抵一府者设所，联几府者设卫。各省区设都指挥使以统辖卫所。又于险隘处设巡检司，全国军士均编置于卫所中。二是组建独立的火器部队、火力与机动结合的战车部队及由步、骑、炮、车合成编组的新京营，使火器的杀伤作用在战场上得到充分发挥。所以明代陆军，除步、骑两个传统兵种外，出现了战车和炮兵两个新兴兵种，水军也较前代进步，在军队中占有重要地位。
　　(一)京军及内地卫所的军医
　　《大明汇典·太医院》载，京军中的医官、医士由太医院派遣。
　　据洪武四年(1371)统计，三大营(五军、神机和神枢营)，平均17300人中有医官或医士1人。
　　景泰间(1450～1456)于谦设十团营，平均万人有医生1名。
　　内地卫所也有军医编制、金幼孜《北征录》说，有毒药将，由善修合药饵的人充任；医人将，由善医治病的人充任；医马将，招善医马病的人充当。说明军队已有司药、军医和兽医编制。
　　戚继光《纪效新书》说，戚家军中有医士2名，医兽1名。《练兵实纪》载，在骑兵、步兵及车兵中均有医士1名。
　　可见，明代军医编制人数不多，可能是太医院只规定了医官和医士员额，不包括医生在内。因当时医生地位尚不及士兵，所以没有记载。
　　(二)边境卫所中的军医
　　明代由于常与蒙古、后金(清)等民族发生战争，沿边关一带设置了卫所14处，每处由太医院派医士1或2人担任医疗。约1120～5600人中有医士1名。如军中缺医，可由总兵或巡抚奏请，由太医院拔用。
　　(三)海军军医
　　明代沿海边防也采用卫所制度。每卫官兵5600人，设指挥1人统领，卫下设千户所5个，每千户所下设百户所10个，每百户所有官兵112人，设百户1员，卫所设有医士1名，战船上是否有医生，未见记载。
　　郑和、张谦等带兵出使西洋时，随船带有医官、医士，平均150人中有医士1名，即每船有医士3名，民医数字未则己载，若计入医生人数应超过180人。