第二阶段：
武家势力勃兴后，平清盛曾经建立过第一个中央政权，但基本寄生于公家朝廷的组织形式，源氏消灭平氏后，决定借用“征夷大将军”一职来建立独立于公家朝廷的政权结构，自源赖朝始，“征夷大将军”成为武士政权元首的固定官职，“幕府”成为武家政权的稳定组织架构，历代征夷大将军名目如下：
源（木曾）义仲 1184 征夷大将军。——此人是源平交替阶段的过渡人物
1、镰仓幕府
１ 源赖朝 1192～1198  
２ 源赖家 1202～1203  
３ 源实朝 1203～1219  
实朝死后，赖朝的嫡系断绝，幕府执权北条氏先迎公家贵族子嗣（与赖朝有姻戚关系）为将军，后又以皇族亲王为将军，将军名义上仍是幕府首脑，但实权和武家领袖的地位则由北条氏以执权的名义代代控制，实际上篡夺了镰仓幕府的权力。
４ 九条赖经 1219～1244  
５ 九条赖嗣 1244～1252
６ 宗尊亲王 1252～1266  
７ 惟康亲王 1266～1289  
８ 久明亲王 1289～1308  
９ 守邦亲王 1308～1333
镰仓幕府的灭亡以北条氏京都统治机构六波罗探题和镰仓统治机构执权的覆灭为标志，而末代的幕府将军却得以善终，守邦亲王出家后安度余生。
室町幕府——室町幕府是一个守护大名的松散联盟，但征夷大将军自始而终都是幕府的最高权力者（只不过战国时代没人再听幕府的了）。
１ 足利尊氏 1338～1358  
２ 足利义诠 1358～1367  
３ 足利义満 1368～1394  
４ 足利义持 1394～1423  
５ 足利义量 1423～1425  
６ 足利义教 1429～1441  
７ 足利义胜 1442～1443  
８ 足利义政 1449～1473  
９ 足利义尚 1473～1489  
10 足利义稙 1489～93,1508～1521  
11 足利义澄 1494～1507  
12 足利义晴 1521～1546  
13 足利义辉 1546～1565  
14 足利义栄 1568  
15 足利义昭 1568～1573  
这里有必要提到织田信长和丰臣秀吉的安土、桃山政权。织田政权平定近畿和日本大半，废绝足利幕府，但信长并未开幕，也许是因为天下未定吧，也有认为他企求比“征夷大将军”更为尊崇的名号（日本新天皇？）。丰臣秀吉统一日本，但他的出身使得他无法轻易开幕，因为长期以来武士集团都认为只有源氏、平氏的子孙才有资格开幕，如同只有五摄家能当摄政、关白一样，麻烦多多。秀吉先冒充平氏，不成，再认五摄家之一的近卫做干爹，此后蒙天皇赐姓“丰臣”，才算当上关白（公家朝廷的最高官），终其治世，他都没有开设幕府，当然也谈不上什么征夷大将军，他的政权结构与平清盛类似，是寄生于公家朝廷的官位体系，同时又辅以奉行等役职而运转的。
在织、丰之间，有一个“十三日天下”的明智光秀，他出自美浓土歧源氏，以名门自居，本能寺之变做掉信长后，强迫天皇策封了他征夷大将军，当了几天就完蛋了，也可以勉强算做过吧。
此后就是所谓源氏的德川幕府：
１ 徳川家康 1603～1605  
２ 徳川秀忠 1605～1623  
３ 徳川家光 1623～1651  
４ 徳川家纲 1651～1680
５ 徳川纲吉 1680～1709  
６ 徳川家宣 1709～1712  
７ 徳川家継 1713～1716  
８ 徳川吉宗 1716～1745  
９ 徳川家重 1745～1760  
10 徳川家治 1760～1786  
11 徳川家斉 1787～1837  
12 徳川家庆 1837～1853  
13 徳川家定 1853～1858  
14 徳川家茂 1858～1866  
15 徳川庆喜 1866～1867  
无论什么时代的征夷大将军，都必须有天皇的正式策封才算数，这样的将军，按照上述，在1100年的历史上出现了52位，差不多正好够做一副扑克。（可以加上平清盛和丰臣作大小王）。