只是供词写完9天后被老谋深算的曾国藩处死，红笔处由曾国藩改动后再抄写送往京城，可见曾国藩胆子也肥，此供词于100年后由曾国藩后人于台湾公布于众。
同治三年六月十九日，天京城墙多处被湘军炮火炸开缺口，城内战斗士兵不到万人，大多是老人妇女小孩。李秀成换上清军号衣，带一千多名精锐护着幼天王从太平门附近冲出。他把自己的快马让给幼主，自己骑普通马殿后，队伍向南逃到方山一带，马匹疲惫掉队，他只好躲进附近村民房子。第二天村民认出他，为赏银报信，湘军很快包围房屋，把他绑了送进曾国荃营。
曾国荃见到李秀成，想到多名湘军将领如李臣典、朱品隆等人死在他手里，气得当场要动刑，准备刀斧铁锤活剐。幕僚赵烈文等人死劝，说此人是太平军头号人物，得留着榨情报，还要上报曾国藩。李秀成被塞进囚车，押到雨花台曾国藩大营。曾国藩六月二十八日赶到南京，亲自提审，用活命做诱饵，要求李秀成交代太平军全部内情和残部位置。李秀成看到大局已定，为保旧部，也想给自己留条路，就答应写供词。
从六月二十九日起，清方每天送纸笔墨砚，李秀成跪在囚笼里写，每天六七千字，连续写了十天，总共五万多字。字是用行草写的，结构匀称，笔力沉稳，虽然有些别字和俗写，但整体看得出多年批阅军报练出来的功夫，行距整齐，转折干净，不少学者后来看到原稿都承认书法水平相当不错。供词从广西起兵写起，详细记了永安封王、武昌三次攻占、定都天京、北伐西征等大事，还列出太平天国十大失误，比如内讧元气大伤、西征没彻底断湘军后路、洪秀全晚年不管军政、封王太多指挥混乱。
他特别提到干王洪仁玕到京不到半月就封首相，战功没有却管前线事务，导致诸王不满，洪秀全为此监视李秀成，甚至把他的妻儿扣在天京当人质。李秀成还写早期太平军军纪严，禁止抢掠，百姓开门欢迎；写后期城内实情，每天只发稀粥，士兵饿得皮包骨头。他批评淮军靠洋枪洋炮，不敢白刃战。同时提出，如果放他一马，他可以写招降书，叫苏浙残部来降，保住几万人命。
曾国藩每天派人收新写的稿子，自己先看，用朱笔一行行改错字、地名、人名，顺便删重复句子。更狠的是，他叫来赵烈文、李鸿裔几个心腹，关门商量，大删不利内容：先把李秀成写审讯时曾国藩答应“不杀”的句子全抹掉，免得朝廷知道他私下交易；把太平军早期得民心、严禁扰民的部分全砍，怕动摇清廷合法性；把批评淮军的话全去掉，淮军是李鸿章的地盘，一损俱损；把天京守军真实数字删了，原稿说战兵很少，湘军没遇强抵抗，这会让攻城功劳缩水；洪秀全死因原写病死，改成服毒自杀，好显得清军逼得他走投无路。
原稿最后几页直接撕掉，据后来学者比对，很可能就是李秀成劝曾国藩割据江南、自立门户那段话。改完剩不到三万字，曾国藩叫人用小楷重新抄一遍，题《李秀成供》，七月底报军机处，同时在湘军内部刻印。八月七日早上，李秀成刚交完最后几页，当天中午就被秘密押到聚宝门内斩首，只用普通斩决，没凌迟，时年四十一岁。曾国藩在奏折里说李秀成“情节较重，不可姑容”，根本没等朝廷回话就杀了，可见他当时手握重兵，敢先斩后奏。
曾国藩杀李秀成后，把改过的抄本上报，原稿锁进湘乡曾家“八本堂”，传了几代人。清末民初，曾家后人搬到湖南乡下，原稿跟着家谱一起藏着，从不拿出来。1949年后，曾国藩曾孙曾约农带原稿去了台湾，一直低调保存。
1962年，曾约农突然把这份卷宗交给台北世界书局，影印成书，叫《李秀成亲供手迹》，定价新台币240元一本。书一出来，史学界炸锅，和以前流传的刻本一对，朱笔改动清清楚楚，缺了上万字，总共33300多字。罗尔纲等老一辈学者马上拿来校对自己几十年的书，把洪秀全死因、天京实情、十误内容全改回来。曾约农后来把原稿捐给台北故宫博物院永久保存。
原稿一公开，李秀成“叛徒”帽子被摘掉大半，大家看到他写供主要是想保旧部，不是真心卖国。同时也坐实曾国藩为保自己和湘淮系，敢大刀阔斧改史料。这份手稿从此成了研究太平天国后期最硬的一手资料，彻底改写了教科书里很多说法。