其三就是在远港的原子神教分支了。在远港，原子神教因为当地相对封闭的环境和缺少强大的暴力集团干预，已经发展成为了当地一个重要的庞大势力。其盘踞在战前的核潜艇基地，庇护和控制着那些因为不明雾气侵扰而不得已放弃家乡的岛屿难民。而其内部也存在着严重的分裂倾向，会随着剧情的推进和玩家的选择而有不同的结果——换句话说，老冰棍的到来，就是来给这帮人当“宗教调解员”的。
只看以上这些，那原子神教的故事，只不过是人类历史上某些宗教发展的复现。毕竟人类如果需要做成一些事情，成为一个有能力的集团，那必然离不开组织结构和社会关系，那关于信仰、权力，以及对组织或社会成员的使用和异化总是不可避免。《辐射》作为一个朋克、带有戏谑、讽刺但同时又带着人文关怀的系列作品，其在关于故事的描述中，往往也会带着对现实社会的种种映射。以至于宗教组织的发展演变的那些共性，被原子神教的发展故事进行了复现，大概有以上这几个阶段：
宗教起源：宗教总是诞生于社会结构崩溃或群体困境中，并依靠提供终极解释和心理慰藉来获得信徒，提供秩序。原子神教在核战后混乱疯狂的废土上诞生，为那些无法理解核子灭世的废土原住民提供了一种“生存为何如此痛苦”的解释，并用其教义对信徒提供精神慰藉，并可能逐步提供了某些宗教秩序，来进一步安抚和帮助信众。在战后废土那种普通人一睁眼就要为了生存而发愁、每天面对的除了吃人的土匪就是可怕的废土生物时，一种能给予信徒安慰、对过去苦难给予解释、以及后续可以到达美好未来的理论，对于没什么见识的废土人拥有多么庞大的吸引力——就像你在沙漠里渴得要死的时候，有人给你一杯水，还附赠一个“你受苦是因为你不够虔诚”的解释套餐。
教派分裂：随着组织壮大，对教义的解释权、实践方式和对外策略产生根本分歧，导致组织分裂。这里的重点是组织壮大——当然壮大是相对的，随着人员的增加，才会有不同的人对教义产生不同的理解或解释，并围绕着这些教义的解释形成新的团体。在现实世界中，教派的分裂往往伴随着第一代领导人释经权的消解或消逝。在没有绝对的统一共识下，围绕着原著的二创总是不可避免，而新接触的人员在没有绝对权威的修正下，只会围绕着二创产生更多的二创。我们暂不知道三代的克伦威尔大司祭是否还幸存于首都废土，但其肯定无法把其影响力扩展到六百多公里外的波士顿。于是围绕什么才是“原子之神的赐福”、信徒该如何使用，便在波士顿废土上产生了两个意见极端相左的教派。虽然波士顿本土暂未见到其兵戎相见，但在远港，其组织内部的分裂如果不是因为老冰棍的到来，应该是已经不可避免，未来很可能发生规模不小的内战——毕竟“谁才是真正的原子孝子”这种问题，自古以来都是要见血的。
组织扩张：历史上不管想成为世界性还是地区性的宗教，总是少不了这一步。随着信众的增多，总有人会出于各种目的让其他人来接触、了解、信仰自己的宗教。根据社会学中的经典模型认为，新兴宗教运动往往始于边缘、高张力的教派，随着成功与制度化，会逐渐温和化成为“教会”。但也有部分教派因为各种原因，未能和官方或主流社会达成和解或支持，就会产生各种耸人听闻的邪教事件。原子神教的极端派倒有些像是对现实历史中那些未能温和化、与社会或官方和解共存，反而走向暴力极端的少数教派的暗喻——只不过现实中他们用的是枪，炸弹，毒气，废土上他们用的是伽马枪。
神迹显现：超凡体验或“神迹”是巩固内部信仰、树立权威、吸引皈依者的强大工具。宗教达到一定规模，不管是信徒自发需求还是宗教传播需要，总是会展现各种“神迹”。“神迹”与权威总是脱不开关系。神迹需要被认可，如果不是所有人都肉眼可见，那就需要世俗或宗教的权威来进行确认。“神迹”是为了巩固内部信仰，并作为吸引或威慑外部的工具。早期教会中，“行神迹”、“神启迪”等超自然体验往往是使徒权威和信仰真实性的重要证明。而在废土世界，战前科技与魔法无异。原子教徒的“超能力”可能只是他们更理解或更适应辐射，比如“消辐宁”。这也映射了现实历史中，先进技术（如枪炮、医药）如何被殖民者或传教士用作建立权威和“神性”的工具。比如几乎灭绝美洲土著的天花，之所以对欧洲殖民者伤害较低，只是因为其已经在亚欧大陆上肆虐了上千年，大部分殖民者已有了抗体或者治疗或预防方法，而这些经常被当时的殖民者当做自身被神庇佑的神迹，来论证他们所谓的“优越性”——翻译过来就是：“你看，我们不得病，说明上帝站我们这边，你们土著还是赶紧入教吧。”
某种教派诞生后，在其成为有组织的宗教过程中，其组织扩张、神迹显现、教派分裂这些行为不是一个线性的发展，而是一种由内向外的螺旋。扩展、神迹、分裂由于各种偶发或必然的事件影响，不断在循环产生。宗教的发展总是会在这些行为上不断循环——就像你在废土上遇到的一群拜核弹的人，他们拜着拜着，总会有人觉得“拜的方式不对”，然后拉一帮人出去单干。这大概就是宗教界的“裂变反应”