故事紧接第一部结局，朱迪和尼克已成为动物城警局正式搭档，但因办案理念差异陷入信任危机，被迫接受袋鼠心理疗愈师弗兹比的 "伴侣治疗"。此时，神秘爬行动物蛇盖瑞(Gary De'Snake) 的到来搅乱了动物城的平静，引发一系列混乱事件