牢代死了，打完主线去打战役第一章应该是骤雨狂岚吧，芙萝拉弥赛亚和喷火的，可以解答你关于剧情之后的疑惑。
dolls是人类至关重要的战力肯定不会被驱逐哒放心吧

死城15是原结局，牢代被b36她们干掉了，红公爵没了，但格蕾特通过教会技术制造出了红公爵同位体——福克，并让福克作为秘书。dolls当然没有什么事情，只不过维修会与教会决战后元气大伤，再没有之前的权力维护dolls的权利了，所以大概是dolls军事化管理程度更高了，city对dolls的歧视更严重。
但这个结局被结晶王座扭曲了，结果是牢代复活了，但通过战役行动的表现，好像存在分歧：
①骤雨狂岚方向：被掏心掏肺的牢代在芙萝拉打败弥赛亚后在棺材里复活回归，但好像漏洞有点多，疑似剧情有点问题
②熔铁方向：主线从疾走天堂开始，围绕熔铁少女剧情写的TADDIS问题展开篇章；在深海埋葬剧情中，b36说自己的永远忠诚框架被修改导致放弃刺杀牢代，所以在这条时间线上，牢代是没有死的（但牢代知道上一周目自己被杀了）
当然我们可以假设为在骤雨狂岚的时间线上，王座发动了时间回溯+永远忠诚框架改造的权限，所以熔铁剧情方向的牢代没死，这个想法就见仁见智了

结晶王座以自己被现实再次驱逐的代价把牢代复活了，和代理人分别的时候用各种方式都没留下来妥妥的赛博女鬼位。

结晶麻麻修改时间让你复活了