莉莉丝和亚当是生命火种，在第一次冲击时到达地球。（恐龙躺枪）
莉莉丝取得优势，发展出人类，而亚当和他的使徒进入冬眠状态。
NERV不知从哪收到的外星人消息，发现如果把使徒全干掉，拔出长矛，再让莉莉丝发展出来的Eva初代机提升实力（觉醒），就有机会实现人类补完计划。
于是他们把亚当和使徒激活，整出了使徒们的复制品Eva，开始实施消灭使徒计划。
过程中真嗣母亲不小心被吸入同化，成为初代机一部分，也导致真嗣父亲复制出凌波丽，和坚决执行人类融合计划。
过程中真嗣为救凌波丽触发第三次冲击，初代机初步觉醒。
渚薰被利用去哄骗真嗣拔矛，释放莉莉丝的力量，初代机完全觉醒。
随后渚薰又不知怎么的变成了13号机，并且13号机又莫名其妙需要抢走使徒化的明日香。
总之，在使徒力量产生的负宇宙里，渚薰变的13号机+觉醒的1号机+释放的莉莉丝力量+使徒化明日香=人类补完。
结果真嗣突然出现，冲进负宇宙抢走了1号机的控制权，然后用人造的矛成功将两台Eva和莉莉丝的力量一同抹除，终止人类补完计划。
不过真嗣不用自己待在负宇宙里动手，他母亲接手了1号机控制权，和带有真嗣他爹灵魂的13号机一起殉情。
所有Eva消失，而根据物质守恒定律，其余被囚禁的灵魂，包括凌波丽和明日香，可以利用Eva身上的物质重塑肉体。
结局中几个主要角色都有出现，就是渚薰有点莫名其妙，他明明就是个使徒，按理说已经灰飞烟灭了。