核聚变科学与工程学院与核科学与技术学院合署办公，实行“一套人马，两块牌子”模式。同时与中国科学院合肥物质科学研究院等离子体物理研究所、兰石集团合作，等离子所推荐常务副院长，等离子所与兰石分别推荐1名副院长。
此前，合肥理工学院成立聚变工程学院，为全国首个聚变工程学院。兰州大学核聚变科学与工程学院或为全国第二个核聚变学院。