如此拥有众多名人参与的组织当然会受到极大的瞩目。多年以来，共济会一直成为众多社会势力批判的对象。某些一神教指控共济会是反对该教的大本营，甚至参加者死前都不能够请神职人员到床前为他祈祷，因此许多个案或是实证都以这个结社为主题。连希特勒都曾经利用捏造的文件来指控共济会主要由犹太人所组成，意图控制整个德国和欧洲，也藉此展开了恶名昭彰的种族大屠杀。当然，这些误解和指控都只是历史上的一小部分而已。其他最有名的就是所谓的「光明会」（Illuminati）的影子政府指控。
所谓的影子政府理论是有一个秘密结社，专吸收社会名人和位高权重的人为成员，希望能够透过影响各国政府和势力的安排，来在暗中统治整个世界。甘乃迪的预刺、越战的失败等等，都是这个影子政府所安排的。因为对於他们来说，世界的动荡不安只要在控制之下，都是他们获利的良机。相信这派理论的人当然有其完整的推论依据，就像是丹‧布朗的小说一样精彩。我们就以一元美金的钞票来说吧。
这张钞票背面左边的金字塔和上面的那颗眼睛和美国的国徽、立国精神一点关系也没有，为什么会加上去呢？这是共济会的标志之一，据说是因为美国的开国元勋华盛顿也是共济会的成员之一，因此这个标志就这么被悄悄的放了上去。NOVUS ORDO SECLORUM这句出现在该徽记旁的拉丁文也是共济会的用语之一，这句拉丁文则是在1782年才被发现与共济会有关。代表是新纪元的秩序，也就是美国脱离英国独立之后的新秩序，也有人认为这应该是「新世界秩序」的意思。所谓的新世界秩序，自然就是「影子政府」所要建立的新世界秩序。
除此之外，在整个一元美钞上还有许多13这个数字，而这个数字正是共济会和光明会的象徵之一。包括了老鹰头上的十三颗星星（这十三颗星星象徵着创始时的十三州，但把这些星星全部连接起来也成为象徵犹太人的大卫之星，五芒星）。金字塔上有十三个阶梯，钞票背面的拉丁文ANNUIT COEPTIS（上帝祝福我们的行为）也有十三个字，E PLURIBUS UNUM（众皆为一）也是十三个字，而老鹰所夹着的盾牌有十三条棒状图、所含着的橄榄枝有十三个叶子、有十三个果实、十三枚箭头。
