安洁在和企业相处的过程中逐渐认识到舰船的人权问题必须要解决，为此写信给了约翰.亚契上校邀请他帮助舰船获得舰船应有的权利。经过安洁与约翰上校的不懈努力下企业被授予军衔，正式成为一名军人。

奥斯塔博士带领团队研究其魔方的制备工艺与本质，期间与安洁博士就相关研究进行沟通，最终确认能源魔方的能量来自高维空间。在研究魔方的过程中，安洁意外发现了一位能引发心智魔方良性反应的个体，而这便是日后β世界的指挥官也就是玩家本身，在这之后便以助手的身份加入到了安洁的研究团队中。

魔方与科技开始进入全盛时期各领域技术迭代加速，其中引人瞩目的浮空战舰初期型号就是在这一时期被制造出来，期间奥斯塔博士制造出了名为零,执行者系列，而安洁博士制作出二型舰装让舰船的力量更加强大，助手（指挥官）在此期间也分别参与二者的研究并取得了相应成果。仿佛世界开始走向美好的未来。
然而和平是短暂的，魔方在环境,能源,安全等领域的负面影响出现，社会上反魔方浪潮加剧。随着舰船的面世各国的军事备赛更加激烈，军事上，大洋联邦与前进阵线的对峙行动在不停的升温。最终五大阵营白鹰、北方联合、皇家、东煌、鸢尾宣布将开启闭门会议来进行谈判，伴随着代表们对此次会议内容的沉默人们意识到谈判失败了，整个世界仿佛在悬崖边摇摇欲坠

为了处理人类与舰船之间的沟通问题，安洁博士与约翰上校推动了DIVISION13部门的成立，由加菲尔德将军担任领导。
舰船好人理查德在作为白鹰军方发言人之后，其亲民的表现在民众中声望极高。然而
不久后由于白鹰军方私自开展心智魔方的极端出力实验巨大的能量冲击造成了白鹰东海岸的大型海啸,部分民众精神错乱及电子设备失灵等各种情况。白鹰为了处理实验影响进行军演以掩盖，然而这一举动缺引来了前进阵线的针对。
与此同时安洁被约翰上校邀请调查该事故以及相关实验，理查德与D13部门也参加此次行动。针对造成此次事故的实验成果的打捞行动成功，但是由于其打捞对象元魔方【潘多拉】的影响，舰队官员产生了不同程度的精神异常，各类魔方设备遭受了不同程度的破坏，受到【潘多拉】的照射好人理查德被疑似x力量的要素影响化身为黑色风暴【恶兆天象】。白鹰第二舰队在刚才的混乱中被理查德击毁，附近前进阵线的舰队也遭受牵连。约翰上校为了平定事端率领剩余舰队向好人理查德发起进攻。在击败理查德后cv-6企业号再次打捞【潘多拉】，随后悲剧再次重演。为了不让【潘多拉】危害更多人约翰上校下令全舰弃船，最后约翰上校以及少数还愿意留下的人员驾驶企业号以55节的速度远离舰队后，引爆了核弹

在经过一系列调查后确认理查德“叛乱”约翰上校所有流程操作皆为正确，最终约翰上校被追授勋章以国葬标准下葬，相关物品与残骸被封存管理。
安洁博士由于心智魔方发生“变异”，加上与军方高层意见冲突，核心支持者一死一退，最终免职收押，期间潜心研究心智魔方相关问题。另一边，奥斯塔博士和助手一边联系大洋联邦军事顾问萨伏伊等知情人了解情况，一边研发心智魔方的【安全锁】,警报器等设备来确保心智魔方的稳定，同时设法帮助安洁博士脱困。
在后面META化作为一种现象得到研究，部分成果如MEC等接连面世。

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