而且为啥普通海的剧情牢指怎么回事怎么一会儿出现一会消失的

这两条新都是海伦娜在塔里面找回记忆时经历的，一条是过去在原初世界丢掉的记忆，一条是去到别的世界的记忆，两个都是自己，最后知道自己不能沉湎过去，还要改变未来，最后本身升维
原初世界的记忆因为传送的原因不全导致断断续续的

都是α世界的海伦娜成为meta前和成为meta后两个阶段并叙，时不时消失是因为指挥官做了什么导致在所有α世界相关人员的记忆缺了相关那部分，这次剧情就是讲海妈怎么想起你找到你以及后续打算做什么的前因后果

其实有三个（
还有一个是最后一段里“似乎刚做了噩梦”的那个（

两条线，一条是过去在α世界还没有meta化的海伦娜发生的事，这里有安洁、奥斯塔、指挥官等人
另一条是一种可能性，假设余烬那次行动后海伦娜没有被传送到塔中，而是传送到了另一个普通实验场发生的事（虽然剧情里没明说，但从海伦娜meta自己的反应来看就是这样）。所有实验场都有一个海伦娜，她们彼此独立，但是各自发生的事最终都会流入心智魔方网络（定向折叠结尾有说），在高维层面统一

严格来说是三个海伦娜，其中一个同时包含了两个状态。
来自世界α、在余烬与企业·Meta等人进行决战的海伦娜·Meta，分离后在托瓦的主机空间修复塔并与“保存”在此处的约克城·Meta交谈后试图找回失去的记忆，并在这些回忆里回想起了世界α里自己尚未Meta化时的情景；试验场β的海伦娜（没记错的话只有最后提了一嘴）；以及海伦娜·Meta离开余烬修复塔后第一次试图拯救试验场时遇到的那个不明编号试验场的海伦娜。
指挥官时隐时现是因为穿越拉普拉斯妖后几乎所有“人”的记忆都碎片化了，丢失了大量记忆。因此当时海伦娜·Meta不记得在“未来”那个与安洁奥斯塔一起的人了，不过虽然记忆丢失了，潜意识却还记得他，所以在进行回忆时又能准确地“构筑”出他的存在，只是因为失忆的原因不记得他的名字。
一次又一次地“重构”回忆，又因为一次又一次地“记不起来”导致“指挥官”在这些回忆场景里“自然地出现”又“自然地消失”，如此往复多次之后海伦娜·Meta才终于想起了“他”是谁，然后决定找到他。
而且海伦娜·Meta执着于指挥官除了“他很重要”以外，也是与世界α“原本”的大多数舰船一样对指挥官有特殊的情感，最重要的是在世界α的某次作战里指挥官救过她。

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