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RASPA2+AI:MOFs 吸附预测快准狠

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第一部分
AI与MOF计算基础及环境搭建
关键理论:
AI 在计算化学中的范式革新:从计算化学到深度学习
MOF结构-功能关系解析:从金属节点、有机配体的化学特性到宏观吸附、分离性能
科学计算与AI工作流整合:数据获取(DB)→结构清洗(Code)→特征计算(Tool)→模型训练(AI)的标准流程
量子化学基础:DFT在MOF结构优化、电子结构与吸附位点分析中的应用
案例实践1:
Case 1:使用MOSAEC算法处理CoRE-MOF、QMOF数据库,进行结构合理性校验与数据清洗,确保所有结构满足化学合理性
Case 2:使用Zeo++计算 MOF 孔结构特征(比表面积、孔隙率等)
Case 3:拓扑分析与化学描述符(开放金属位点、有机配体结构式)批量提取
Case 4:使用CP2K完成MOF的晶体结构优化,并计算CH4的结合能,为机器学习筛选出来的潜在候选物进行机理解释。
第二部分
分子模拟和高通量计算在MOFs中的应用
关键理论:
分子模拟核心:力场与电荷分配的物理意义与选择策略
分子模拟在揭示MOF吸附与分离机制(吸附位点、扩散路径)中的作用
高通量计算:作为AI模型“数据工厂” 的搭建流程与MOF 设计中的应用
案例实践2:
Case 1:使用 RASPA2 计算气体吸附/分离性质
Case 2:使用 RASPA2计算等温吸附曲线和气体吸附概率密度图
Case 3: 使用GPU加速的gRASPA实现高通量GCMC模拟,体验“计算产生数据”的规模与效率,并构建后续所需数据集
Case4:高通量GCMC计算结果的分析与可视化,提取结构-性能对应关系。
文献复现:复现经典文献的高通量筛选流程,讨论如何将结果作为AI模型的输入
Large-scale screening of hypothetical metal–organic frameworks. Nature Chem 2012, 4, 83–89 DOI: 10.1038/nchem.1192
第三部分
传统机器学习与可解释AI在MOF中的应用
理论部分
机器学习在MOF中的QSAR/QSPR模型:结构-性质定量关系
特征工程核心:化学描述符(比表面积、孔径等)的物理意义
算法深度解析:随机森林(RF)、XGBoost、SVM在吸附预测中的优劣
可解释AI前沿:SHAP、SISSO 在挖掘物理机制与发现设计规则中的应用
案例实践3:
Case 1:Python实现XGBoost、SVM、RF模型预测MOF气体吸附分离性质
Case 2:使用贝叶斯优化算法进行参数调优与特征选择
Case 3:基于独立筛选和稀疏算子 (SISSO) 算法从高维特征空间中学习简洁且可解释的物理公式
Case 4:可视化结果:AUC曲线、误差散点图、蜜蜂群图
Case 5:预测未知MOF的吸附性质,验证模型泛化能力
文献复现:Robust Machine Learning Models for Predicting High CO2 Working Capacity and CO2/H2 Selectivity of Gas Adsorption in Metal Organic Frameworks for Precombustion Carbon Capture J. Phys. Chem. C 2019, 123, 7, 4133–4139 DOI: 10.1021/acs.jpcc.8b10644
第四部分
图神经网络(GNN)与MOF结构-性能建模
理论部分
GNN基础:如何将晶体结构表示为图—节点、边与全局状态的化学信息编码
主流GNN模型:CGCNN、MEGNet消息传递机制及在MOF建模中的优势
节点/边特征构建:化学键、配位环境、拓扑连通性的编码策略
GNN的可解释性:如何理解GNN“看到”的化学信息
案例实践4:
Case 1:使用Pymatgen将MOF晶体结构转换为图神经网络所需的张量数据
Case 2:训练CGCNN或MEGNet模型,预测MOF的吸附性能,并与传统ML对比
Case 3:GNN可视化:使用t-SNE或主成分分析模型学习到的结构表征
Case 4:利用训练好的GNN模型,对虚拟MOF数据库(如hMOF)进行快速性能筛选与候选材料推荐
文献复现:Hydrogen storage metal-organic framework classification models based on crystal graph convolutional neural networks, Chemical Engineering Science 2022, 259, 117813. DOI: 10.1016/j.ces.2022.117813




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